1941年1月，發生在安徽省涇縣茂林地區的皖南事變，造成2600多名新四軍人員因傷、因病、因彈盡糧絕而被俘。同年3月，國民黨三戰區長官司令部將被俘的新四軍幹部650多人，武裝押送到上饒，囚禁在上饒南郊的周田村、石底村、李村、茅家嶺、葛仙廟、七峰巖寺廟等地。
在茅家嶺監獄中，還關押著被國民黨特務憲兵從東南五省捕來的共產黨員、抗日愛國誌士80多人。從而建立起規模龐大的由特務憲兵統治的集中營。而在國民黨三戰區的公開番號中，這所集中營被稱作為「第三戰區司令長官司令部訓練總隊軍官大隊」，駐地在周田村。「軍官大隊」下設5個中隊;每個中隊下轄3個區隊、8個班。囚禁的人員最多時達600多人，都是新四軍排級以上幹部。
還有一部份，公開番號是「第三戰區司令長官司令部特別訓練班」，也設在周田村。班本部下設1個中隊，中隊下3個區隊，每個區隊轄3個分隊，共有110多人。一、二兩個區隊囚禁的是三戰區政治部專員室(特別機關)從東南各省捕來的共產黨員和抗日愛國人士;三區隊30多人是被俘的新四軍人員。石底村、李村、茅家嶺、七峰巖等地是集中營內的獄中之獄。囚禁在這些地方的人員都是「重犯」，被戴上手銬腳鐐等刑具。
1942年1月,「軍官大隊」和「特別訓練班」納入國民黨中央設在重慶的「戰時青年訓導團」的統一建制。4月，當第二期「訓練教育」結束時，「軍官大隊」與「特別訓練班」即改稱「戰時青年訓導團東南分團」。「分團」部設教務班、訓導班、秘書室、總務班等,下轄2個大隊。第一大隊轄一、二、三中隊，第二大隊轄四、五、六中隊;中隊下轄3個分隊:分隊下轄3個班。
主管「軍官大隊」和「特別訓練班」(後改稱「東南分團」)的是國民黨三戰區政治部專員室少將主任張超，還有其他校、尉級特務任中隊長、指導員(後稱訓育員)、分隊長，另有負責警戒的一個憲兵加強連。
集中營四周設定了崗哨、鐵刺網、圍墻、壕溝，並在外圍30裏以內設定了外層警戒圈。在集中營內部，國民黨特務們對被囚人員一方面施以欺騙、引誘等手段，一方面上重刑、拷打、體罰，威逼抗日誌士改變信仰。特務們使用的刑罰、刑具五花八門，有刀砍、針刺、繩絞、火烙、活埋、毒打、踩杠子、放毒、灌辣椒水和站鐵刺籠等，體罰有「猿子抱樁」、「兩腿半分彎」、「三點成上線」等。特務使用這些極其殘忍的刑罰、刑具對抗日愛國誌士行摧殘。
被囚於上饒集中營的新四軍幹部，在同特務的鬥爭中結成了一個整體，恢復了黨的活動，成立了獄中秘密黨支部，成為領導獄中鬥爭的堅強核心。
1942年5月25日，茅家嶺監獄中的26名革命誌士發起奪槍暴 動，取得成功。6月17日，第六中隊80多名革命誌士在集中營遷往福建途中，在崇安縣赤石鎮崇陽河畔，利用渡河的時機發起暴 動，多數人沖上武夷山，取得成功，重新回到抗日鬥爭前線。
1942年6月26日，集中營遷抵新址福建省建陽縣徐市鎮。不久搬遷至該縣回窖鎮。同年9月再搬遷至崇安縣老鼠排村。
集中營在老鼠排村駐紮下後，國民黨特務又從東南各省搜捕來一批共產黨員和抗日愛國人士關押。後來福建省三元縣小梅列有一個關押抗日愛國誌士的監獄，這時撤銷，所囚33名革命誌士也轉押到老鼠排村來。此時集中營被囚人員總數達400余人。經過「整頓」，「東南分團」縮編為4個中隊。大隊建制仍保留。第一大隊轄一、二中隊;第二大隊轄三、四中隊。擔任警戒的仍是一個憲兵加強連。國民黨特務、憲兵繼續對抗日愛國誌士施以數騙誘降手段，進行折磨迫害。
1945年8月15日，日本侵略者宣布無條件投降，中國人民的抗日戰爭取得了偉大勝利。不久國共談判，簽訂【雙十協定】。同年10月，「東南分團」宣布解散，國民黨三戰區特務機關被迫釋放被囚的政治犯。集中營余下的被囚人員終於獲得無罪釋放。至此，歷時四年零八個月的人間地獄上饒集中營徹底垮台。
