南京大屠殺是一場慘絕人寰的暴行，持續了數月之久，但最為惡劣的暴行主要集中在最初的6至8周內。在這段時間裏，無辜的南京人民遭受了極其殘忍的屠殺和迫害。然而，到1938年春天，南京人民逐漸意識到大屠殺已經結束，盡管他們仍然處於日軍的占領之下，但他們不再面臨被全部殺掉的危險。
在南京陷入日本統治者之手後，日軍開始采取措施降服全體南京人民。這些措施包括但不限於對南京人民進行思想控制、文化壓制和強制勞動等。透過這些手段，日軍試圖讓南京人民屈服於他們的統治，成為他們的傀儡和附庸。
起初，南京城內並無多少值得征服的財物。據一位外籍人士所述：「此城的破敗程度，實難用言語形容，隨處可見隨意堆放的汙穢之物與雜亂無章的廢棄物。」民眾無奈目睹垃圾與遺體在街頭腐爛，因未得日本人之特許，竟連清理垃圾與遺體的權力都被剝奪。甚至，日本軍車連續多日自挹江門駛過，車輪從數英尺厚的遺體堆上碾壓而過，借以展示反抗者的悲慘下場，企圖以此震懾南京的民眾。
據觀察家估算，以1939年的美元價值為基準，日軍所造成的公共財產損失總額高達8.36億美元，私人財產損失亦不低於1.36億美元。這一統計甚至尚未涵蓋日軍掠奪的珍稀文物所代表的巨大價值。
在社會學領域的知名學者路易士·史邁士的指導下，安全區國際委員會對南京地區遭受的損害進行了詳盡的實地調研。調研團隊深入南京城內1/50的住戶，並覆蓋農村地區1/3的村莊，對其中1/10的農戶進行了細致的調查分析。史邁士教授於1938年6月釋出了這份詳盡且深刻的60頁調查報告，他在其中深刻總結，南京城歷經的120天空襲和隨後的4天圍困所遭受的損失，僅僅相當於日軍進城後肆意破壞所造成的損失的1%。這一數據不僅揭示了日軍暴行的殘酷程度，也凸顯了戰爭對人類社會造成的深遠影響。
多數破壞行為源於日本士兵的縱火行徑。自南京淪陷之日起，城內的火災持續燃燒了六個多星期之久。在這些士兵的軍官指揮下，他們肆意放火焚燒建築物，甚至不惜使用特殊化學物質以助燃。無論是莊嚴的教堂、大使館，還是繁忙的百貨公司、商店、大廈，乃至簡陋的茅屋，無一幸免於難。令人震驚的是，連本套用於保護平民的安全區內的建築也未能逃脫這場火劫。安全區的負責人面對熊熊大火束手無策，因為水泵和消防器材均被日本士兵盜竊一空。在南京大屠殺開始的幾周後，日軍已將全城三分之一的地區和四分之三的商店化為灰燼。
他們罔顧國際法規與人道主義精神，不僅對蘇聯公使館、美國大使館實施了焚燒與破壞，更對幾乎所有外國人的寓所進行了洗劫，即便那些顯眼地懸掛著本國國旗或展示著本國徽章的建築也未能幸免於難。日軍的暴行甚至延伸到了對外國人財產的侮辱上，他們公然六次扯下金陵大學懸掛的美國國旗，踐踏在泥地上，並以極端的威脅手段阻止任何人重新升起這面旗幟。盡管納粹德國與日本結成了同盟，但德國人在南京的財產損失同樣慘重，與美國人相比毫不遜色。日軍不僅對納粹旗幟進行扯除，還肆意燒毀德國人的住宅和商鋪，甚至偷竊了希特勒和興登堡的畫像。一位德國人深感震驚地寫道：「考慮到日本人對天皇畫像的尊崇程度，他們對我們領袖畫像的偷竊行為顯得尤為令人費解和非同尋常。」這一連串的暴行不僅是對個人財產的侵犯，更是對國際秩序和人類文明的公然踐踏。
日軍的劫掠行為並不僅限於南京城墻之內，其惡行更是蔓延至周邊鄉村。日本士兵以極端殘忍的方式摧毀南京周邊的鄉村，他們常常選擇將整個村莊付之一炬。這種殘忍行為的具體過程令人發指：士兵們首先放火燒毀村莊中的茅草屋，隨後將家具、生活用具以及農具等物品一股腦兒地扔進磚房內，再將其點燃，以此確保所有物品一次性化為灰燼，不留任何痕跡。城市周邊地區的所有農場動物，無論是家畜還是其他生物，也都未能幸免於日軍的劫掠。
日軍不僅使用乙炔槍、手槍和手榴彈等暴力工具強行開啟銀行的保險庫，甚至侵入了德國官員和居民在銀行的個人保險箱，肆意劫掠其中的財物。令人震驚的是，日本士兵還被授權將部份贓物寄回日本，而大部份物品則被沒收並充公，成為官方享用的物資。這些被劫掠的物品中，珍稀的玉器、瓷器、地毯、字畫以及金銀財寶等不計其數，僅在一間倉庫內就堆積了200多架鋼琴，足見劫掠規模之龐大。到了1937年12月底，日本人開始將這些偷來的贓物——包括珠寶、工藝品、家具、金屬制品和古玩等——匯集到碼頭，準備將其運回日本。
1938年1月，南京城內除了極少數軍用商店和安全區國際委員會的米店之外，幾乎看不到其他商店正式開門營業，整個城市的經濟活動幾乎陷入停滯。南京港口內也是一片蕭條，幾乎看不到船只的蹤影。由於日軍之前對當地電廠的員工進行了圍捕並處決，導致南京城內大部份區域停水、斷電，電話服務也中斷，整個城市的基礎設施幾乎陷入癱瘓。在這種情況下，南京居民的生活變得異常艱難，尤其是在缺乏自來水的情況下，洗澡變得異常困難。一些婦女甚至選擇不洗澡，希望透過自己骯臟的身體來打消日軍強奸的念頭，這無疑是日軍暴行給南京人民帶來的殘酷現實和深深的痛苦。
1938年1月1日，日本人在南京扶植成立了所謂的「南京自治委員會」，這一機構被一些西方人士也稱作「自治政府」。這個自治委員會實質上是由中國傀儡官員所組成的，他們被賦予了控制南京市政管理、社會福利、財政、警察、商業和交通事務的權力。隨著時間的推移，到了春季，南京表面上似乎恢復了正常的城市運轉。自來水供應、電力照明和郵政服務得以重新建立，為人們提供了基本的生活保障。與此同時，日本人的城市公交服務也開始營運，人力車重新出現在街頭，人們還能夠乘坐火車前往上海。然而，這一切的背後是日本人為了戰爭需要而進行的物資轉運。南京迅速成為了日本人繁忙的航運中心，每天可見大量的小火車、馬匹、野戰炮、卡車和其他物資從南京運往附近的浦口，以滿足戰爭的不斷需求。這一時期的南京，盡管表面上恢復了城市的日常運轉，但實際上卻成為了日本戰爭機器的一個重要節點。
相較於沈重的稅收盤剝和財產的沒收，更為令人憂慮的是鴉片在南京的泛濫成災。在日本人占領南京之前，鴉片在南京屬於地下毒品，其吸食行為被限制在隱秘的場合，主要由南京的權貴和商人參與。那時，無人敢於明目張膽地在大街上公開銷售鴉片，更不敢在年輕人面前炫耀。然而，隨著南京的陷落，鴉片館如雨後春筍般出現，人們可以自由地出入這些鴉片館，而不再受到警察的幹預。更為刺眼的是，這些鴉片館公然使用寫有「官土」（即鴉片的代名詞）字樣的中文招牌進行廣告宣傳，明目張膽地引誘民眾吸食鴉片。
為了誘導和加劇南京人民的依賴性，進而加強對其的奴役，日本人竟不擇手段地利用毒品作為支付勞務報酬或嫖資的手段。更令人震驚的是，他們竟向年僅10歲的兒童提供含有海洛因的香煙，企圖將他們拉入毒品的深淵。金陵大學歷史學教授貝德士，在深入研究的基礎上，得出了令人痛心的結論：南京地區約有5萬人沈迷於毒品，這一數碼占當時南京總人口的五分之一。
在南京市民遭受壓迫和苦難的環境中，毒品成為了一種暫時的避風港，許多人沈溺其中，試圖逃避現實的殘酷。然而，這種逃避只是短暫的，毒品帶來的快感過後，他們仍然要面對生活的困境。有些人在絕望中甚至試圖透過吞食大量鴉片來結束自己的生命，這無疑是對個人和社會的一種巨大悲劇。同時，毒品也誘使一些人走上了犯罪的道路，南京城內盜匪猖獗，社會治安嚴重惡化。日本占領者卻利用這種犯罪現象來為其占領行為辯護，聲稱其統治下的法律和秩序是必要的，以此來鼓吹其帝國的合法性。
日本雇主對待本地中國勞工的態度極為殘暴，遠超奴隸的待遇，常因微小過失而對他們實施極端殺戮。幸存者回憶，日本人為維持工作場所的嚴酷氛圍，故意制定變幻莫測的懲罰措施，使中國雇員長期生活在恐懼之中。一位曾在被日本侵占的工廠工作的中國男子詳細敘述了數月間目睹的駭人聽聞的事件。曾有一次，一名日本監工無端指控一名中國雇員偷竊其毛衣，結果該雇員被繩索緊緊捆綁，從腳部一直纏繞至喉嚨，隨後被日本人用磚頭活活砸死。砸擊過後，雇員的身體已嚴重變形，血肉模糊，與繩索緊緊纏結，最終竟被日本人殘忍地丟棄給狗群撕咬。另一次，因工廠少了四個小墊肩，後發現被用作廁紙，一位年僅22歲的婦女因承認當日如廁而被拖到工廠後方，慘遭斬首。同日下午，同一日本劊子手還殺害了一名十幾歲的少年，僅因指控其偷了一雙拖鞋。
日本人在南京開設了名為「榮字第1644部隊」的傳染病研究實驗室，其真實面目是將人類作為實驗物件的殘酷機構。他們稱呼被實驗的人為「圓木」，將他們視為毫無尊嚴的試驗品。該實驗室位於中山路上，臨近長江，原本是一所六層樓的中國醫院。盡管周圍環繞著軍用機場、藝妓區、電影院和日本人的重要活動中心，但實驗室卻極度隱秘，被高高的磚墻和帶刺的鐵絲網重重包圍，並有警衛嚴密巡邏。日本科學家在這裏對中國囚犯進行各種極端實驗，註射或餵食有毒物質、細菌和致命氣體，如丙酮、砷酸鹽、氰化物、亞硝酸鹽以及各種蛇毒。這些實驗導致每周有10名甚至更多的中國人被殘忍殺害，他們的屍體被送往「榮字第1644部隊」的焚化爐中處理。
在南京淪陷期間，那些逃脫了日本人的肉體迫害、醫學實驗和毒品誘惑的中國人，仍然在日本軍事壓迫下生活在水深火熱之中。為了更有效地控制龐大的人口，日本當局借用了中國傳統的保甲制度，並將其改良為一套金字塔式的等級結構。在這種制度下，每十戶人家被編為一甲，並設有一名甲長；每十甲則組成一保，設有保長。這一制度逐級遞進，直至最高層。每個南京居民都必須持有一張登記卡，上面載有各級官員的簽名，以此證明他們對新政權的忠誠。此外，任何家庭中出現陌生人或未登記的人，居民都有義務立即上報給甲長，隨後訊息會層層上報，最終到達市政府的區級官員手中。
在占領南京期間，日本人經常對保甲制度進行實際測試，以評估其有效性和居民的忠誠度。他們有時會故意將沒有通行證的人放入城內，暗中觀察這些人是否能夠找到藏身之處。如果這些人未能在短短兩小時內被抓獲或上報，那麽他們所在地區的甲長、保長等官員將會受到嚴厲的懲罰。這種高壓政策不僅體現了日本人對保甲制度的嚴格執行，也揭示了他們透過恐怖手段迫使南京居民對新政權忠誠的意圖。
金陵大學的美籍教授史德蔚，作為安全區國際委員會的一員，在1939年的日記中記錄下了這一情景。他寫道：「這應該就是日本人迫使南京人忠於新政權的辦法。」這句話不僅揭示了日本人的統治策略，也反映了南京居民在恐怖統治下的無奈與屈從。史德蔚的日記為我們提供了珍貴的一手資料，展現了當時南京城內居民的生存狀態和日本人的殘酷統治。在這樣的環境下，保甲制度不僅是一個管理工具，更成為了南京人民生活的沈重枷鎖。
1945年夏天，南京的苦難終於迎來了終結。在8月6日，美國對日本的第八大城市廣島投下了一顆未經測試的原子彈，僅第一天就造成了該城市24.5萬居民中的10萬人喪生。盡管遭受了如此巨大的打擊，日本仍然拒絕無條件投降。於是，美國在8月9日對日本另一座城市長崎投下了第二顆原子彈。這兩次原子彈的投下，無疑是對日本軍國主義的有力打擊，同時也向世界展示了核武器的巨大破壞力。在此後的不到一周時間裏，即8月14日，日本最終決定無條件投降，標誌著侵華戰爭的結束和南京苦難的終結。這一歷史事件不僅是對南京人民的巨大慰藉，也是對整個世界反法西斯戰爭的重大勝利。
