公元17世紀初期，北元林丹汗、青海綽克圖紅台吉、康區白利土司、西藏噶瑪政權藏巴汗結成反黃教聯盟，藏傳佛教格魯教派在此時面臨著生死攸關的困局。
正是在黃教受到巨大威脅的背景下，同樣面臨著生死攸關局面的衛拉特聯盟和碩特部，衛拉特諸部盟主兼和碩特部首領的圖魯拜琥帶領衛拉特人擊敗了反黃教勢力，控制了整個青藏高原，並建立了和碩特汗國。
有圖魯拜琥率領的和碩特部強大武力支持下，格魯教派的勢力達到頂峰，達賴喇嘛被確立為藏傳佛教最高教主地位，同時為制約達賴喇嘛勢力，又弄出了班禪活佛轉世體系，二者互為師徒關系（年長為師，年幼為徒，相互輪換），使得黃教勢力做大，成為藏傳佛教各教派中最大的派系。
和碩特汗國確立的第巴制度，既要負責汗王對整個和碩特汗國的施政，又要輔佐達賴喇嘛處理宗教事務和行政事務。這就導致在和碩特汗國內部，汗權和教權都具有很大影響力。
和碩特汗國存在的76年，前期統治時雙方都沒有將誰是青藏高原最高話事人挑明了說。直至後來，為爭奪青藏高原掌控權，和碩特汗庭和西藏教廷之間的矛盾還是凸現出來了，並且引發了一系列問題，包括歷史上享有盛名的六世達賴倉央嘉措就是和碩特汗庭與西藏教廷角逐權力中被選出來的傀儡。
和碩特部離開天山草場，擊敗反黃教聯盟，入主青藏高原，建立和碩特汗國。
公元1625年，由和碩特部貴族之間的財產之爭，引發的衛拉特諸部持續5年的內戰。導致衛拉特聯盟各部人心惶惶，更使得事件爆發之源和碩特部損失慘重，雖掛有衛拉特盟主頭銜，但實力已經被準噶爾部反超。
公元1628年，和鄂爾勒克帶領土爾扈特部5萬多帳19萬人遷徙到伏爾加河流域。
公元1629年，和碩特部首領拜巴噶斯戰死，其弟圖魯拜琥接任和碩特部首領和衛拉特盟主之位。
和碩特部與準噶爾部之間的統一戰爭已經不可避免，天山草場之能有一個說一不二的政權。擺在和碩特面前的只有兩條路，要麽幹掉準噶爾部，吞並其部眾，要麽學土爾扈特部遠徙他鄉。
此前，因為蒙古土默特部的扶持，藏傳佛教格魯教派得到大力發展，使得西藏其他各教派開始警覺起來，紛紛想要遏制這個新教派的發展勢頭。
北元大汗林丹汗因為忌憚黃教分化自己的汗權，因為黃教幾乎傳遍了整個蒙古部落，西藏教廷對諸部落有冊封權力，林丹汗為擺脫黃教教權的影響，改宗寧瑪教派。外喀爾喀部貴族綽克圖紅台吉由黃教改宗紅教，而後因爭奪權力失敗，被排擠出喀爾喀部勢力範圍，率大軍擊敗了土默特部右翼勢力，取得了整個青海地區控制權。西藏地區噶瑪政權藏巴汗崇信的是噶舉派，對黃教格魯教派有很深的敵意。康巴藏區的白利土司頓多多吉，信奉的是雍仲苯教，欲將黃教勢力全部鏟除幹凈。
北元林丹汗、青海綽克圖紅台吉、白利土司頓月多吉、藏巴汗丹津旺秋組成的反黃教聯盟。
格魯教派領袖五世達賴羅桑嘉措和紮什倫布寺法台羅桑確吉傑布為尋找新的武裝力量來保衛黃教，將目光投向了天山草場的衛拉特蒙古諸部。
公元1635年，五世達賴派秘密信使抵達和碩特部，見到了固實汗圖魯拜琥，並轉達了達賴喇嘛希望其擔任新一代持教法王的重任，拯救黃教危機。
和碩特部固實汗和準噶爾部首領巴圖爾琿台吉達成秘密協定，固實汗希望準噶爾部出兵協助自己南征青海的綽克圖紅台吉，等擊敗青海紅教勢力後，和碩特部將天山草場讓給準噶爾部，和碩特部將遷徙到青藏高原遊牧。
很快衛拉特諸部首領會盟，開始做戰爭動員，決定武力進軍青海，保護黃教。
固實汗不愧是聰明睿智之人，為了保證這次行動的萬無一失，他決心以身犯險，親自到青藏高原了解對手的底細。他帶領十余名護衛，化裝成進藏朝聖的香客，沿途從青海進入西藏，沿途考察了一路軍情民情，清晰地了解到青藏各方勢力實際情況。到達西藏後，他秘密會晤了五世達賴羅桑嘉措和紮什倫布寺法台羅桑確吉堅贊，並商定了進軍的計劃。
公元1636年秋，固實汗率領衛拉特聯軍從伊犁出發南征青海。衛拉特諸部的主力精銳幾乎都參加了此次保護黃教的戰爭，目標就是打敗盤踞在青海的綽克圖紅台吉紅教勢力。除固實汗帶領的和碩特部主力外，還有準噶爾部的巴圖爾琿台吉、墨爾根岱青，土爾扈特部遺留下來的墨爾根濟農、袞布伊勒登，輝特部的蘇勒坦台什、蘇木爾台什，杜爾伯特部的達賴台什、保伊勒登。
固實汗的衛拉特聯軍在青海同綽克圖紅台吉的軍隊連番血戰，最終在青海湖北岸的哈爾蓋草原上擊敗綽克圖紅台吉，並將其斬殺。
青海之戰後，衛拉特聯軍大勝，固實汗兌現當初和巴圖爾琿台吉的諾言，率和碩特部留在了青海，其余各部落返回天山。
公元1638年，固實汗再次來到了拉薩，面見了五世達賴，由於綽克圖紅台吉被消滅，對於黃教來說底氣就更足了。五世達賴為此舉行了隆重的大法會，達賴喇嘛賜予固實汗「丹津崔吉紮勒布」稱號，也就是「持教法王」的意思。
公元1639年，固實汗率軍攻入康巴藏區，此時拉薩的藏巴汗依然沒有意識到危機，並沒有派兵援助白利土司。
公元1640年十一月，康巴藏區全境被固實汗占領，白利土司頓月多吉不願投降被殺掉。
公元1641年，固實汗利用從康區回青海的假象迷惑藏巴汗，然後出其不意的進軍西藏，最終占領西藏全境，藏巴汗向紮什倫布寺法台羅桑確吉堅贊求救，希望其能從中斡旋調解。羅桑確吉堅贊本著慈悲心腸勸說固實汗放過藏巴汗丹津旺布，固實汗十分尊重羅桑確吉堅贊，答應了丹津旺布的講和條件。
公元1642年，藏巴汗丹津旺布向固實汗投降，交出了其下屬的所有城池和財物，噶瑪政權滅亡。
至此，61歲的固實汗圖魯拜琥完成了統一青、藏、康區大業，建立和碩特汗國，成為青藏高原最高統治者，他將首城遷往拉薩，在布達拉宮設無畏獅子寶座，成為自己的最高行政機構處所。
作為黃教的「持教法王」，固實汗請達賴喇嘛從紮什倫布寺搬到布達拉宮。將八思巴所用的法器，以及日喀則繳獲的大量珍寶都奉獻給達賴喇嘛，並奉達賴喇嘛為藏傳佛教最高教主。
與此同時，固實汗也請自己最為崇敬的羅桑確吉堅贊活佛入駐紮什倫布寺，並將後臧地區都劃歸其管轄，拜其為上師。
公元1645年，為制衡達賴喇嘛的宗教權力，固實汗贈予紮什倫布寺羅桑確吉堅贊活佛「班禪博克多」尊號，意思是「智勇雙全的大學者」，羅桑確吉堅贊向上追認三世，追認克珠傑.格勒巴桑為「一世班禪」，恩薩.索南喬朗為「二世班禪」，恩薩.羅桑丹珠為「三世班禪」，自己則是「四世班禪」。
和碩特汗國組建新的政治體制，藏區政教合一的體制慢慢形成。
作為和碩特汗國的統治者，固實汗對西藏的政治、軍事、法制等各方面進行了改進。在政權組織上，固實汗確定了第巴制度，第巴這個官職類似於中原王朝的宰相一樣是藏區最高行政長官。
固實汗封五世達賴喇嘛的管家索南饒丹為第一任第巴，其職能既要負責汗廷內部的政令實施，還要輔佐達賴喇嘛處理宗教事務和行政事務，所有的政令公文在第巴處理過後，再有固實汗和達賴喇嘛一起簽印，這份政令才能生效。
固實汗在位時期，實際上是將行政管理權交給達賴喇嘛的教廷和第巴管轄內的各萬戶。第巴這個職位通常時由和碩特部汗王從達賴喇嘛門徒之中挑選有才能者擔當，藏區各萬戶首領必須經過和碩特汗庭任免和冊封。固實汗這種制度設計，實作了以藏人治藏的目的，同時又不至於讓整個汗國的權力失去控制。
固實汗聰明之處就在於，其仍然將和碩特汗國的軍事力量控制在蒙古人手中。藏族人的軍隊十分散漫，平時放牧和農耕，戰時就聚整合民兵，戰鬥力非常差。固實汗將將蒙古軍隊作為維持治安和對外征戰的主力。
固實汗長子達延鄂齊爾率5000騎兵駐紮在拉薩北面的當雄草原，固實汗本人則率和碩特親衛軍駐防拉薩，另外，固實汗攻滅青海綽克圖紅台吉吞並其部眾後，將天山南北的和碩特部屬民逐漸遷徙到青海地區駐牧，固實汗命其八個兒子駐牧青海，分別統領和碩特各部，由其第六子多爾濟掌管整個青海地區軍政大權，這支力量被稱為「青海八台吉」，作為拱衛西藏和碩特汗庭的堅實後盾。
公元1652年，五世達賴喇嘛羅桑嘉措到北京面見順治皇帝，被冊封為「西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛」，賜給其金冊、金印帶回西藏，冊封固實汗為「遵行文義敏慧固實汗」，正式確立了大清王朝對和碩特汗國的宗主國地位。
公元1655年，73歲的和碩特汗國固實汗圖魯拜琥在拉薩病逝。
固實汗長子達延鄂齊爾繼任和碩特汗國汗王之位，接手其父固實汗「持教法王」地位，達賴喇嘛賜予其「達延鄂齊爾汗」尊號。
達延鄂齊爾汗似乎沒有遺傳他父親的英明睿智，他上位後的一系列舉措讓蒙古人在藏區的行政管理正在一步一步被架空。
公元1658年，固實汗任命的第一任第巴索南饒丹去世，五世達賴向達延汗征詢新一任第巴人選。對於第巴這個如此關鍵的職位，達延汗居然毫不在意，表示由達賴喇嘛操辦就好，達延汗因為只想做個逍遙自在的王，不想過多操心政事，以為只要牢牢掌控軍權就萬事大吉。第巴這個職位，在和碩特汗國是二人之下萬人之上的地位，誰舉薦任命就自然跟誰親近，這是毋庸置疑的事情。
五世達賴任命赤烈嘉措為第二任第巴，因為是達賴喇嘛扶持上位的，赤烈嘉措對達賴喇嘛言聽計從。
公元1668年，達延鄂齊爾汗去世，也是在同一年，第二任第巴赤烈嘉措也跟隨而去。和碩特汗國最高統治者和最高行政長官同時出現空缺，這讓五世達賴看到了掌控至高無上權力的機會。
和碩特部貴族就推舉新一任大汗遲遲達不成統一意見，達賴喇嘛在沒有經過和碩特汗庭同意的情況下，便委任了自己的親信羅桑道圖為第三任第巴。
五世達賴此時已經架空了第巴的行政管理權，完全把其當做自己宗教事務上的助手，達賴喇嘛集宗教和行政管理於一身。
公元1671年，達延鄂齊爾汗的長子貫綽克喇達進入拉薩繼任和碩特汗國大汗之位，並接任其父「持教法王」地位，達賴喇嘛賜予其「丹津達賴紮勒布」尊號，稱為達賴汗。
達賴汗跟他的父親一樣，不願意管理西藏政治事務，對於五世達賴不經過汗庭允許就任命第巴的行為，達賴汗竟然毫不在乎，一點都沒有作為國君的政治敏感度和警覺性，沒有對達賴喇嘛的行為提出任何異議和該有的旁敲側擊提醒，這明顯是越權行為。和碩特汗國兩代汗王的粗心大意，導致第巴這個最高行政長官的任免和管理權已經牢牢掌握在達賴喇嘛手中。不久以後，和碩特汗國歷史上很厲害的一個角色即將登上歷史舞台，他就是五世達賴最器重的弟子桑傑嘉措。
桑傑嘉措是個非常有才能的人，他出生西藏大貴族仲麥巴家族，原名叫貢確頓珠，是西藏歷史上卓越的天文學家和醫學家，他一生中著有30多部天文歷算著作，最著名的有【白琉璃論】，這部著作成為西藏的官方歷書，同時他還撰寫了集藏醫大成的【四部醫典藍琉璃】。桑傑嘉措還擁有深厚的學術素養和靈活練達的政治能力，因此他是五世達賴喇嘛羅桑嘉措最器重的弟子。
公元1675年，和碩特汗國第三任第巴巴羅桑圖請求卸任第巴職位，五世達賴決定讓桑傑嘉措繼任，桑傑嘉措以資歷不夠、閱歷尚淺推辭了，此時桑傑嘉措也只有23歲。五世達賴便任命羅桑金巴為第四任第巴。
公元1679年，羅桑金巴卸任第四任第巴職位，27歲的桑傑嘉措被推上和碩特汗國第五任第巴職位。
五世達賴喇嘛圓寂，桑傑嘉措隱瞞事實，撒下彌天大謊。
桑傑嘉措坐上和碩特汗國第五任第巴職位，五世達賴放心的交出手中的大權，一切政務都交給桑傑嘉措處理，自己則潛心研修佛法以及撰寫著作。
桑傑嘉措上任以後就展現出卓越的政治才能，在宗教上，他采取一系列措施，極大的擴充套件了黃教勢力，從經濟、政治各方面進一步增強了格魯派的實力和地位。
另一方面，桑傑嘉措著手改進西藏政治體制，加強甘丹頗章政府的集權統治，將西藏各地領主集中到拉薩，允許他們除保留基本莊園土地外，其余土地全部收歸政府所有，而後又推行宗本流官制度，所有官員由甘丹頗章政府任免，消除了地方勢力擁兵自重、割據一方的基礎。
桑傑嘉措還擬訂了【噶倫辦事章程】，明確規定各級政府官員的職責、許可權和辦事規程，明確規定了凡是就任甘丹頗章政府官職必須尊信格魯教派，而且各宗行政官員實行僧俗並用，僧高於俗，而且本土官員的任命以藏人為主，蒙古人基本被排斥不用。
對於桑傑嘉措這一系列舉措，和碩特汗國最高統治者達賴汗竟然一點反應都沒有，很顯然這些政策對蒙古人的統治利益有很大觸動，而達賴汗因為懶得管理，盡然持放任不管的姿態，除了出席黃教盛大宗教典禮，達賴汗基本對西藏政治事務不管不問，甚至還非常這位年輕幹練的第巴。
公元1682年二月二十五日，66歲的五世達賴喇嘛羅桑嘉措在布達拉宮圓寂，臨終前他將所有宗教和行政事務交托給桑傑嘉措。
五世達賴對於桑傑嘉措來說既是恩重如山的師父又是最倚仗的靠山，這突如其來的變故，如果處理不當，隨時可能會使他和達賴喇嘛費勁心血弄到手的政治實權毀於一旦。
於是，一個驚天謊言就誕生了，桑傑嘉措把恩師五世達賴喇嘛圓寂的訊息嚴密封鎖起來，對外聲稱達賴喇嘛在閉關修煉，任何人不得對其打擾。所有的事務都必須由桑傑嘉措來稟報和傳達，這個訊息一封鎖就是十三年時間。
誰才是青藏高原的老大這個問題，終究是被和碩特汗庭和西藏教廷擺在台面上來解決
誰才是青藏高原這片神聖土地上擁有最高話語權的統治者，這個問題對和碩特汗庭和西藏教廷雙方來說都有不同的看法和立場。
固實汗帶領衛拉特諸部解決了反黃教聯盟，維護了格魯教派正統宗教領袖地位，對於蒙古貴族來說，他們功高蓋世，並且在這裏建立了和碩特汗國，理所當然應該是這片土地擁有實權的最高統治者。
格魯教派領袖認為蒙古人只是被請來保護黃教的，而格魯教派對整個藏傳佛教擁有領袖地位，所有的信眾必須擁護教廷，因此，格魯教派教主才是這片雪域聖地最高統治者，蒙古人也只是持教法王，是黃教的下屬。
當然，所有的一切也還是要靠實力說話，五世達賴在世的時候，所有的施政也是有顧及到和碩特汗庭翻臉的，所以他的政策都很小心謹慎。
五世達賴喇嘛圓寂，正常的流程是要向和碩特汗王通報，並且還要將此訊息呈報到北京清政府。然而，桑傑嘉措將此事隱瞞長達十三年之久，紙終究包不住火的，是謊言總有被揭露的一天。
公元1696年，五世達賴圓寂秘不發喪的訊息終於大白於天下，所有黃教教徒聽說此事一片嘩然，為此驚愕不已，北京的康熙皇帝得知此事更是惱羞成怒，派遣特使嚴厲斥責桑傑嘉措的行為。桑傑嘉措為挽救他撒下彌天大謊所造成的後果，趕緊派人去尋訪五世達賴喇嘛的轉世靈童。
公元1697年，根據藏傳佛教的宗教儀軌，桑傑嘉措在西藏門隅地區叫宇松的地方（今藏南達旺地區）找到了倉央嘉措。桑傑嘉措連忙派人指認其為五世達賴喇嘛費勁轉世靈童，同年九月迎回拉薩，拜五世班禪羅桑益喜為師，成為六世達賴喇嘛。
桑傑嘉措雖然有如此忤逆之舉，但好在及時出台補救措施穩定了藏區的人心和局勢，康熙皇帝內心雖有不忿，但是要藏區局勢穩定，他也就做個順水人情暫時不再追究此事。
和碩特汗國達賴汗這幾十年來也不過問政事，況且年紀大了，也懶得管事了，對於桑傑嘉措隱瞞五世達賴圓寂的事也沒放在心上。在和碩特汗國兩代汗王對政事不管不問的情況下，蒙古人除了掌控軍事力量外，政治和宗教事務上的權力基本被架空，藏人在桑傑嘉措手上已經紮下很深的根基。
公元1701年，達賴汗去世，其長子丹津旺秋繼任和碩特汗國大汗和「持教法王」之位。
公元1704年，達賴汗另一個兒子拉藏魯巴勒發動政變，毒死了其大哥丹津旺秋，自立為和碩特汗王，此人就是歷史上著名的拉藏汗。
拉藏汗此人有極強的權力欲望，他可不像前幾代和碩特汗王一樣不管政事，他坐上和碩特汗王的寶座後就立誌要拿回蒙古人丟掉的權力。
拉藏汗和桑傑嘉措代表的甘丹頗章政府很快就要為誰是青藏高原最高話事人展開激烈爭鬥。
