隨著賴清德即將上任新省長，台灣省政府原先的班子選擇了總辭職，因此大貪汙犯陳水扁又開始難受了，因為這就意味著他在520前沒得特赦。因為根據知情人士的訊息，這個特赦是屬於政治性措施，所以必須讓省政府來走這個流程，但是省政府的高層已於16日總辭了，也就是說蔡英文用也可以行政命令特赦陳水扁，理論上還是會幫賴清德「拆彈」，不過省裏面的行政廳及法務廳無法進行副署及完成後續程式，因此陳水扁想得到真的特赦，肯定要在賴清德上台之後了。
對於沒辦法在蔡英文的省長任內特赦陳水扁這件事，蔡省長的發言人林聿禪出面表示，省政府現在關心的是陳水扁的身體狀況，其他事情都是依照相關規定辦理。言下之意就是本來蔡英文也沒有答應特赦陳水扁，很多時候都是島內媒體在自說自話。
法務廳次長黃謀信也出面表示，法務廳到目前為止都還沒收到正式來自於省政府的命令，也沒有收到關特赦的相關研議公文。並且法務廳還表示，陳水扁就算被特赦了，也是形式上的，屬於「免刑不免罪」，意思是陳水扁可以不用裝病了，但是仍然將沒收這位前省長的相關不法所得。其中單單陳水扁個人的罰金為新台幣2.5億元，再加上犯罪所得2億9700萬元，如今已經執行完畢。並且前民進黨立委郭正亮還表示，特赦對陳水扁其實也不是什麽好事，因為如果得到特赦的話，那麽陳水扁保外就醫的條件也會就此消失，那麽另外的貪汙受賄的案子恐怕也會開庭，阿扁將會陷入另一波法律攻防，等國民黨得勢之後，他可能又要進去吃牢飯。
對於蔡英文的「良苦用心」，【美麗島電子報】董事長吳子嘉在【董事長開講】節目中分析說，蔡英文特赦陳水扁這件事背後應該有賴和蔡之間的政治談判，最重要的就是賴清德的表態，其中賴清德想要是想要特赦陳水扁的，但是又不想背上和貪汙犯沆瀣一氣的鍋，所以賴清德想的解套方法就是讓蔡英文去完成這件特赦的事情，畢竟蔡英文要退休了，「所以關鍵是蔡英文、賴清德政治談判的結果。」
可以說，蔡英文終於還是在行政流程上沒有特赦陳水扁，估計是蔡和賴之間的交易沒談攏，蔡英文不肯背這個黑鍋，而是選擇把陳水扁作為一個大禮包給賴清德。要是賴清德沒辦法處理好陳水扁的事情，不僅會給藍營、白營很多話柄，還會得罪很多綠營尤其是台南市的扁系舊部，畢竟以前賴是主張赦扁。而且賴清德的就職晚宴就在自己的發家之地台南市舉行，而「綠到出汁」的台南市至少有一半以上民眾都支持特赦阿扁，所以特不特赦陳水扁，關乎到賴清德能否繼續在台南站穩的根本，這也是蔡英文留給賴清德的第一個考題！
