錢樹根的軍事生涯始於1956年，在47軍從見習排長幹起，歷經炮兵指揮排長、團、師參謀、師炮兵科長、步兵團團長，後來在軍事學院（今國防大學）深造一年半之後，回到47軍。在46歲時接任47集團軍軍長。率47軍參加老山輪戰結束後，又到21集團軍當了兩年多軍長，任蘭州軍區參謀長。1994年調到北京任總參謀長助理，1995年出任副總參謀長。上將軍銜。
1979年，中越邊境自衛反擊戰爆發，錢樹根所在的47軍作為戰略預備隊，時刻準備著投入戰鬥。1985年底，已經過集團軍化整編的47集團軍接到中央軍委的命令，開赴老山地區執行輪戰任務。時任軍長的錢樹根和政委宮永豐率第47集團軍軍部、步兵139師、陸軍第21集團軍61師、蘭州軍區炮兵第1旅等部隊，共計37351人，車輛3842台，火炮966門，步兵輕武器34709件，赴雲南老山前線輪戰。所有參戰部隊從1985年12月5日起至1986年1月7日止全部進入雲南文山集結，經3個多月的臨戰訓練，於4月17日開始進入陣地，30日接替陸軍第67軍老山地區防禦作戰任務，經過一年的輪戰作戰，於1987年4月30日將防務移交給北京軍區陸軍第27集團軍後撤離歸建。
整個輪戰過程中，在防禦作戰正面約25公裏，縱深約35公裏的地域內堅守一線陣地204個，哨位13310個。在一年的輪戰中，共抗敵18萬余發炮彈的轟擊。粉碎敵人上百次排以下規模偷襲襲擾；實施了4次一個加強連出擊、多兵種協同支援的出擊作戰，全殲了604陣地、968高地、55號陣地、310高地、167高地之敵，進行了13次重點炮擊, 8次反炮擊作戰，95次出境偵察作戰，108次破襲、伏擊作戰；重點炮擊殲滅敵炮兵連8個，重創敵炮兵連3個、特工連1個；共毀損敵火炮320門、槍590支、軍車22輛、船4艘、工事2000余個、彈藥和軍需物資一批。我共消耗各種炮彈30萬余發，戰損火炮26門、槍4支、軍車14輛。
老山地區地形復雜，氣候惡劣，越軍又占據著有利地形，給47集團軍的作戰帶來了很大的困難。但是，錢樹根並沒有被困難嚇倒，他帶領部隊發揚不怕犧牲、敢於拼搏的精神，與越軍展開了殊死搏鬥。錢樹根充分發揮了自己的軍事才能，指揮部隊采取靈活多變的戰術，多次挫敗了越軍的進攻。同時，47集團軍還註重加強部隊的思想政治工作，提高了部隊的戰鬥力和凝聚力。
錢樹根「進攻是最好的防禦」這條用兵原則，雖然不完全適用於我們的防禦作戰，但因時因地選擇一些主動出擊，對打擊敵人的囂張氣焰、削弱敵人士氣起到了不可估量的作用。所以在1986年10月14日、19日；1987年1月5日、7日，47集團軍就先後組織過四次由一個300人左右的加強連出擊、多兵種協同支援的主動出擊作戰，有力地震懾了敵人。
在1986年10月14日的戰鬥中，139師416團5連對越軍占據的395高地發起攻擊。錢樹根親自指揮戰鬥，他根據敵情和地形，制定了詳細的作戰計劃。在戰鬥中，5連官兵英勇頑強，不怕犧牲，經過6個小時的激戰，成功攻占了395高地，殲滅越軍150余人。
其中1986年10月14日展開的出擊戰鬥，也叫 「蘭劍—B行動」，是蘭州軍區部隊接防老山戰場後首次進攻拔點作戰，要拔點的968陣地是敵人防禦敏感度最高的陣地。因此，在老山輪戰期間，我第11軍32師、第1軍1師、第67軍199師、第47集團軍139師，曾組織兵力先後4次對968高地地區實施過出擊拔點作戰。而139師的這次戰鬥，是我軍戰爭史上第一次進行現場直播的戰鬥。中央電視台【焦點訪談】記者，原139師宣傳幹事陳耀文20多年後在自己的部落格中這樣評價「藍劍—B行動」，「這是一場豪華的帶有表演性質的拔點戰鬥，戰鬥過程運用微波傳輸技術傳輸到師指揮所」。當時對這次戰鬥進行現場解說的是師宣傳科幹事安小青。網路上關於「藍劍—B行動」視訊，就是當年安小青組織制作的。戰士顧金海在戰鬥頭部中彈，身負重傷。一名隊員撲過來想把受傷顧金海背回去，已經幾近昏迷的顧金海卻使出最後的力氣大吼一聲：」先救隊長「！後因失血過多犧牲。這一瞬間被當時47集團軍戰地攝像員趙旭拍攝了下來！中央電視台新聞聯播隨後反復播放這一戰場實況，顧金海生命中最後時刻「先救隊長」的呼喊感動了電視機前的億萬觀眾。
在1987年1月7日的戰鬥中，139師417團4連對越軍占據的167高地發起攻擊。錢樹根再次親自指揮戰鬥，他采取了佯攻、穿插、包圍等戰術，成功地迷惑了越軍，使其陷入了混亂。在戰鬥中，4連官兵奮勇殺敵，經過8個小時的激戰，成功攻占了167高地，殲滅越軍200余人。
在老山輪戰中，錢樹根還註重加強部隊的後勤保障工作。他深知，後勤保障是部隊戰鬥力的重要組成部份。因此，他積極協調地方政府和有關部門，為部隊提供了充足的物資和裝備保障。同時，他還註重加強部隊的醫療衛生工作，為部隊官兵提供了良好的醫療保障。
在錢樹根的領導下，47集團軍在老山輪戰中取得了輝煌的戰績，受到了中央軍委的高度贊揚。錢樹根也因此成為了中國人民解放軍的一位傳奇將領。2004年，錢樹根達到最高服役年限，退休離開了軍隊。
