一九四二年二月，清河行署公安局调任芳亭去博兴县接任公安局长霍瑛的职务。当时博兴斗争环境比较艰苦，敌情严重，敌强我弱，斗争形势紧张并日趋恶化。
博兴县位于小清河两岸，南临桓台、临淄，北临蒲台，东临广饶，西靠高苑，处在黄河以南，胶济铁路以北的中心地带。更重要的是，接连我胶东、清河、冀鲁边三个战略区的交通干线沧（县）潍（县）公路纵穿博兴。因此，这里是敌我必争之地。
一九三九年一月，日寇侵占博兴城。从一九四一年下半年起，日寇为加强统治，实行重点进攻，重兵盘据，据点、碉堡星罗棋布。仅博兴城北公路两侧十五华里的范围内，就安上了北极宫、天齐庙、刘家寨、董王、王集、王木匠村等七处据点。这些据点，北与蒲台的日伪，南与盘踞在安家庄伪顽周胜芳联在一起，
日寇同时对我抗日军民实行「经济封锁」「蚕食政策」「三光政策」、「治安强化运动」，清剿扫荡疯狂到了极点。在这样严重的情况下，博兴县的抗日军民在党的统一领导下针锋相对地展开了英勇的斗争。
上级指示任芳亭，他「在博兴的主要任务是加强公安工作，积极的开展对敌斗争，开辟新区，扩大和巩固抗日根据地」。任芳亭到博兴后在县委的领导下，与各区刚建立起来的区中队携手，与敌人展开了一场极其尖锐的、复杂且持久的残酷斗争。
经与县委领导同志研究，任芳亭首先决定打开六区的局面。
六区位于博兴的东部，北临广饶，是处于小清河北岸的广博边缘地带。主要村庄有阎坊、楼子韩、高家渡、屯田、龙住河、毛家道口等，是一个产粮区。六区已经有了我区委和政权组织。这个区虽无敌人的据点，但大部分都被敌人控制。我方能公开活动的村不多，斗争相当激烈。区长是马俊怡，有个不到二十人的区中队。
伪顽周胜芳的二营刘子刚、广饶的伪十六旅一团李青山的特务营陈瑞水活动在这一带，与村中一些封建势力、地主恶霸勾结。便衣特务队、大股小股匪特公开驻扎在阎家坊东的村，催粮逼款，抓壮丁，绑票，敲诈勒索，强奸妇女，搞得群众家破人亡，倾家荡产。不少村的群众不敢在家安睡，民不聊生，民怨鼎沸。
县委决定由任芳亭带领公安局全部武装力量及大部分干部前往六区开辟工作，有公安局政卫队、区中区六十余人，加上民兵骨干共一百多人。
任芳亭率这支武装力量进入六区以后，开始住在基础比较好的阎家坊、楼子韩、高家渡一带，敌人夜间活动的村他们们白天去，敌人白天活动的村他们夜间去，和敌人展开拉锯斗争，以武装斗争形式，打击敌人小股活动，后来逐步向东发展，最后打开局面，掌握了主动权，左右了这个地区的形势。
他们每到一村就开大会，宣传抗日救国和共产党的主张，说明他们是共产党领导的八路军开过来了，专打日寇、汉奸，保卫老百姓。一百多人的部队，行动起来很像那么一回事，老百姓听了都拍手称快，奔走相告说：「我们的八路军大部队过来了。」
六区除去鬼子扫荡，暂时没有大股的敌人活动，对于陈瑞水、刘子刚这样的小股特务，一旦发现，任芳亭就率队包剿围打。一次陈瑞水的特务营到了营李村，任芳亭接到报告，马上带队赶到，把他们打跑了，特务队长当场被击毙，打伤匪徒两名，缴获匣枪一支。挨的打多了，敌人不敢轻易到六区露头活动了，我区政府的地盘迅速扩大。就连安着据点的毛家道口村的伪村长高十五，也在夜间和任芳亭他们联系，为我方办事。
任芳亭的另一个工作重心就是抓政权建设。一个村有了我方政权，群众就有了主心骨，有了依靠。凡是开展工作的村庄，首先建立政权，有村长、农会、青抗先、自卫团、妇救会，儿童团等，这些村庄很快就变成了抗日根据地。
与此同时，任芳亭带着同志大力保卫群众的生产。
郑官村到广馓的石村之间，有一个大洼，土地肥沃，因敌人的绑架活动，这片地群众不敢去种了。政卫队、区中队就换上便衣，带上武器帮助群众一块去种地，一块去管理，一块去收割，把这一大片土地全部耕种起来了，群众收入很好，情绪很高。博兴县公安局因此在这一带的群众中，享有相当高的威信，真正和群众建立了鱼水关系。
队伍和敌人打了仗后，各村群众都来慰劳，以示对子弟兵的关怀。任芳亭率队在这里坚持了一年多的时间，六区完全成为我根据地，是我抗日武装的可靠后方了。
一九四三年冬，博兴公安局又深入到博兴城北开辟一、八区的工作。一区和八区原来是一个区，叫一区。任芳亭到博兴县以后不久，从一区划出了一个八区。
一、八区是博兴蒲台的日伪互相联系的桥梁地带。开辟好一、八区，就切断了博兴、蒲台日伪的互相联系。
一、八区党的地下组织基础比较好，内线工作很有成绩，在敌人内部有关系、有内线，还有我派遣人员。敌人城里的警察局、警备队，各个据点都有我方的人。在农村两面政权搞的也不错，多数的伪乡保长明里应付敌人，暗里为我工作。但敌人也知道这个地区的重要，在交通要道，重要村庄，安了不少据点，如开齐庙、北极宫、刘家寨、王木匠以及蒲台县的小营都安上了炮楼和据点。这对任芳亭他们开展这个地区的工作，增加了一定的困难。
任芳亭对开展一、八区的工作，采取了双管齐下，文武兼用的方法。武以武装斗争，打击敌人的嚣张气焰；文以开展政治攻势，分化瓦解伪军。还给伪军建立了「红黑」点登记，做件好事，点个红点，做件坏事，点个黑点，对于作恶多端，民愤极大的铁杆汉奸，县公安局抓住就枪决，并出布告，把黑点给他附在布告上，以收打一儆百的效果。这样的斗争，如两打北极官，双取天齐庙，奇袭刘家寨等，大灭了敌人的嚣张气焰。
任芳亭他们要打击敌人，可以随时出击；而敌人要打他们时，党的地下组织、内线关系、两面政权把他们掩护得敌人根本摸不到边。对敌打击与对敌瓦解又密切结合。
王木匠据点为防止公安局的突然袭击，据点周围不让群众种地，种上后不等长起来，就被割掉。群众去种地时，炮楼上乱开枪，群众就不敢去种了，造成群众生活的困难。据公安局统计，有三百多亩地群众不敢去种。
任芳亭率队两打北极官，处决了铁杆汉奸「独眼龙」后，让伪保长给王木匠据点的汉奸中队长捎进去信，说「如再祸害老百姓，北极官‘独眼龙’就是你的下场」。这下可把伪中队长吓坏了，和伪保长说：「请你转告公安局，咱都是中国人，今后不再死心塌地为鬼子效力。」并嘱咐伪保长说：「这些话你千万不要告诉鬼子。」
后来任芳亭又捎信给伪中队长说：「如果你要留后路，可派出联络员和我们联系。」伪中队长真的派出了联络员，还给他们送出了二十发子弹。任芳亭告诉联络员：「你回去告诉你们中队长，老百姓要吃饭，你们不让老百姓种地，没有粮食吃什么？只要你们不祸害老百姓，我们可以让老百姓给你们拿粮，让你们吃上饭，如果不听我劝告，那对你们是决不客气的。」
王木匠据点的敌人真的照办了，但群众仍有畏惧心理，不敢去种地。后来，任芳亭就派政卫队化装成老百姓在据点周围种上八十多亩地，群众在外圈里种地，这片土地从而就利用起来了。有时据点里也向空中打几枪，那完全是为了应付鬼子。鬼子打电话跟据点里说：「种地的八路的有。」他们回话：「八路的没有，统统的是老百姓。」鬼子拿他们没有办法。
一、八区争取伪军的工作做得比较好，其中很重要的一手是做伪军家属的工作。杨国夫司令员住在博兴八区，向博兴县公安局要情报，任芳亭就派人找到伪军家属捎个信，博兴城里马上就送出真实的情报，第二天公安局就把情报送给杨司令。
鬼子几次大扫荡，任芳亭带着公安局从来未离开过博兴，都是化整为零，隐蔽在伪保长家和据点里。在四二年春至四五年日寇投降的三年多的时间里，博兴县公安局除去陈户突围时牺牲了三个同志外，也再未受到大的损失。
日本投降后，四六年春天，博兴县公安局和县委搬到小清河北的顾家村开展二、四区的工作。这时，博二区曹王一带的大地主、恶霸都跑了，小的跑到张店，大的跑到济南。地主的土地和浮财要分给群众，群众还不敢要。
公安局住在顾家一家地主院子里，因房子不够住，他们就自己动手脱坯，盖了九间房子。为把工作迅速开展起来，公安局组织了工作队到各村发动群众开展反奸诉苦、土地改革、拥军拥参，各项工作进行得都不错，得到县委的表扬。
公安局贯彻军队开展大生产的精神，「自己动手，丰衣足食」，减轻群众负担，做得也很有成效。在六区、八区和到了二、四区，公安局每年都种地、种菜，另外还做了些小买卖，安了些职业点。在柳桥开了油坊，在陈户开了车行，在城里开了酱菜园，在顾家还开了手工卷烟厂，除去自给外还有节余。
任芳亭在博兴工作了五、六年，任内公安局很有名声。政卫队的短枪班，在群众中有「神枪班」之称。群众送公安局「三好」荣誉，即打仗好，生产好，文娱活动好。
