为什么大多数科幻作品里，星际战舰的舰桥指挥室等重要部位是外置的，而且都有大块的玻璃窗：
那是因为大多数科幻作品的作者不懂星际战舰，甚至也缺乏军事知识，只能按照海军战舰的设计去模仿。而且提问者也混淆了舰桥、指挥中心、驾驶室的概念，没有分清楚它们的区别。
一、地球上的海军战舰为何要有高耸的舰桥？
首先说清楚，地球上海军战舰拥有高耸舰桥的原因，主要可不是为了什么长期航行中保持舒适感，而是出于观察和探测的需要。众所周知，由于地球是个曲面的，所以站得越高自然就看得越远。而这在军舰上，就体现在需要高耸的舰桥，以及更高处桅杆上的瞭望哨了。而在普及雷达以后，雷达也要尽可能架得高一点，这就是地球上的战舰都有高大舰桥的根本原因。
当然了，从情感上来说，人类是很喜欢有窗户、视野开阔的环境的。在海上的长期航行中，视野开阔的舰桥对于乘员的身心健康很有好处。另外从心理因素来说，高位者也喜欢站（坐）在高处凸显权威，在这种种因素的综合影响下，战舰就普遍拥有了高大的舰桥。 这方面的翘楚，那就是二战时的旧日本帝国海军。它们的某些战列舰舰桥甚至高达十几层，成为了举世瞩目的「违章建筑」。而无论平时还是战时，舰长最常呆的就是舰桥。
而既然舰长在舰桥，那么出于方便指挥的角度，舰船的操舵位置也自然要设置在舰桥里面，以方便舰长随时下命令，甚至必要的时候亲自操舵。但是随之而来的，就是处于高处的舰桥兼操舵室成为危险区域。而这些区域出于观察的需要，又无法设置严密的防护。所以如何在这个目标明显的地方尽量保护指挥官的安全，就是后来战舰设计师的主要研究方向了。
二、舰桥和司令塔的分离
于是在后来的战舰之中，就开始将舰桥和司令塔分开：观察敌情和指挥航行在舰桥，而司令官甚至操舵室则在装甲司令塔里面。当然了，这个司令塔一般比较低矮和狭小，视野也受限，因此很多指挥官都不愿意去。比如非常著名的北洋水师旗舰「定远号」，其司令塔就在两座主炮塔之间，司令塔观察窗仅仅略高于飞桥地板，非常低矮而且视线不良。
所以早期的舰队司令在实战中，都不愿意待在这个低矮狭小的司令塔里，而是去开阔的高处指挥。而有些非常「勇猛」的指挥官，甚至会去毫无防护的舰桥顶部，就是为了获取最好的视野。
比如对马海战中的东乡平八郎，就是站在舰桥顶部指挥的——当然了，这种习惯虽然有利于指挥，也会造成指挥官的伤亡：特拉法尔加海战中的英国名将纳尔逊，就是在露天指挥时被打死的。而黄海大战时的北洋水师提督丁汝昌，也是在露天飞桥上观察敌情时受伤的。
而随着司令塔功能的完善，舰桥的结构也逐渐完整和专业化，细分出了各种功能层。 比如提主所指出的大和号舰桥，其红框出来的位置其实是防空指挥所，下面的那层则是全舰的昼战舰桥。而在这下面是作战室、舰长休息室，更下面有整层玻璃窗的才是平时航行用的罗经舰桥（也用作夜战舰桥） 。至于作为舰队核心的司令塔，则是舰桥下面箭头处的那个没多少开口矮墩子。这个地方是有重甲防护的，而且位于炮塔后方的较矮位置，不容易被命中。
这样设计的目的，就是把舰体的防空、航行、主炮射击、夜战等功能分开，防止被敌人一轮攻击全灭。而除了舰桥上的舵轮，一般还在舰体内部设置操舵室，可以有效防止敌人的攻击。至于负责全舰队指挥的司令塔，更是相对低矮而且趴在主炮之后，并有厚重的装甲保护着。俗话来说，这就是一种典型的分布式指挥系统，目的就是不能把所有鸡蛋都放在一个篮子里面。
三、危险的司令塔
当然了，这个装甲司令塔的防护，也是逐步增强的。而由于其暴露在外，很容易被敌人集火攻击，所以一度也成为了仅次于炮塔的「炮弹磁铁」。
在早期的军舰上，司令塔的防护是不足的 。比如北洋水师著名的济远号巡洋舰，其司令塔装甲只有38.1毫米，而且被高高地布置在飞桥甲板上，目标非常明显。而在丰岛海战中，这个非常显眼的薄甲司令塔就成了日舰的集火目标，甚至两度被炮弹命中。 而其中的一发炮弹，甚至直接击穿了司令塔那薄薄的装甲。正在司令塔内指挥的大副沈寿昌头部中弹，当场壮烈牺牲。而其脑浆喷溅在一旁的方伯谦身上，把方伯谦吓得心胆俱裂，直接放弃了指挥躲到了舰体水线下的穹甲之下，这就是著名的「脑血溅衣」事件。
而同样的司令塔缺陷，也发生在同样由德国制造的经远级装甲巡洋舰身上。 其司令塔装甲厚度虽然为152.4毫米，已经远胜于济远号，也能挡住一般的炮弹。但是为了更好的观察视野，经远级司令塔开的是环绕式的观察缝，海战中地方的炮弹破片四处乱飞，出问题的几率就很大了。 而在大东沟海战之中，经远舰管带林永升的头部就被飞进来的弹片击中，当场就牺牲了。
而哪怕是后来更加严密的司令塔，有时候也会出问题的。比如在日俄的对马海战中，日军的一颗12英吋口径的炮弹，就直接命中了俄军旗舰「苏沃洛夫公爵号」的司令塔，虽然没有直接穿透，但是其强大的冲击力，仍然把俄军司令罗杰斯特文斯基甩到了舱壁上，直接就多处骨折陷入了昏迷。
而这样的倒霉事儿，自然不是只有俄军才有。 日军的装甲巡洋舰「日进」号的遭遇相似，其装甲司令塔也被俄军炮弹直接命中，在内部指挥的第一战队司令三须宗太郎中将受重伤，司令部其他军官更是死伤惨重。 值得一提的是，当时还是见习军官的山本五十六在舰艏的副炮处作战，被一发6英寸炮弹直接命中了舰艏，山本五十六左手的食指和中指就是在这时被炸掉的。
这种种的伤亡事件，就导致后来的海军战舰，都开始不断加强其司令塔防护。而随着炮弹穿甲能力的提高，哪怕是到了一战期间，司令塔被命中导致伤亡的事情仍然屡有发生。比如在举世闻名的日德兰海战之中，英国铁公爵号发射的一发13.5英寸炮弹，就直接命中了国王号的舰桥指挥塔，将德军第三战列舰分舰队司令贝恩克中将炸成了重伤。
所以在一战结束之后，各国新造的战列舰更是疯狂加厚司令塔，比如前文所说的大和号，司令塔装甲就厚达整整半米。但是即使这样，在不断增大口径的战列舰穿甲弹面前，司令塔的防护仍然有所不足。当年德国「俾斯麦」号战列舰司令塔，就直接被英国罗德尼号战列舰的16英寸主炮炮弹击穿，导致里面的所有指挥军官直接全灭。
而同样的事情，也发生在英国人自己身上。其威尔士亲王号战列舰在丹麦海峡，就曾经遭遇到了380毫米穿甲弹的攻击，舰桥上的一切都被炸飞。而舰长虽然在装甲司令塔里逃过一劫，但是也受了重创，在医院躺了两个半月才好。
而装甲厚重的战列舰都是如此，次一级的巡洋舰的司令塔防护就更不够看了。 比如在1949.4.21由于「紫石英号事件」引发的激战之中，解放军的一发105毫米榴弹，就准确击中了「伦敦」号重巡洋舰的司令塔，「伦敦」号舰长卡扎勒被当场炸成重伤。
以上的种种事件都表明，司令塔实在是个非常危险的位置，哪怕是加上厚重的防护，也是挡不住战时指挥中枢受损的。
四、舰体内部指挥中心的设立
所以到了后期，如何取消目标明显的司令塔，就成了战舰设计师的新难题了。而随着技术的进步，超视距作战成为主流，指挥舰队和导弹舰艇作战，基本已经不需要目视获得战场信息了。因此全封闭式的作战指挥情报中心（英文缩写CIC），就终于出现了。
而这种作战指挥中心不需要窗户，也不需要设置在甲板之上，就和舰桥彻底分离了。在此之后，这种指挥中心更是逐步成为舰艇的真正的大脑，舰桥就只是平时航行时所用了。 再加上设置在舰体内部的操舵室，这舰桥的功能就越来越少了。哪怕是战时受损，也是无伤大雅的了。
需要指出的是，当代的大型水面舰艇上的CIC的位置，那其实也不是固定的。有的设置在舰体内部，有的设置在上层建筑下部——这主要是由于舰体内部虽然防护最好，但是恰好是掠海飞行的反舰导弹的命中位置，很容易被一发全灭。
所以目前的现代舰艇，其实是有指挥日常航行的罗经舰桥，以及舰体或上层建筑内部的指挥中心两个中枢的。 而科幻作品中的星际战舰，一般都只有舰桥兼指挥中心，而且还高高耸立在甲板之上。一旦这里被击中，战舰就像被人削掉了脑袋，直接就失去了战斗力。可以说，这种设计的小说和影视剧，其实都只是太空歌剧，严重缺乏合理性。
所以在另外一些作品里，就考虑到了这一问题，设置了可折叠收放的舰桥。 比如在新版银河英雄传说中，同盟军的战舰舰桥，就是可以折叠收放起来。而帝国军的指挥舰桥，则是像一个小岛一样悬挂在舰体下部，必要的时候可以收起来 ——不得不说，这种设计虽然看起来高大上，但是其实并不实用。这样的司令塔兼指挥中心还是暴露在舰体外部，不仅折叠收放复杂，而且防护相对薄弱，同样容易被击毁。
至于较好一点的科幻作品，则会抄袭现实中海军战舰的设定，设置两个指挥中心。 比如在高达中，著名的斯拉姆级战舰就有两个舰桥。在平时的时候，舰长在拥有宽大玻璃窗的高位舰桥里指挥，到了真正进入战斗时，就会启用内置在战舰内部的战斗舰桥（CIC指挥中心）。而这个战斗舰桥非常紧凑狭小，其设计更加类似于旧战舰的装甲司令塔。 而为了方便进行战斗转换，在有着作品里，舰长的座位是设置在一个轨道上的，只需要按动一个按钮，就可以直接像坐电梯一样，下降到战斗舰桥进行指挥。这样的细节，就比较让人赞赏了。
不过实际上，太空战舰其实压根不需要设有玻璃窗的高位舰桥。太空中不存在地球曲面问题，不需要在高处观察敌情，雷达也没有站的高看得远的需要。 所以在太空战舰上，完全可以不设置玻璃窗，只通过舰体上的光电头观察敌情。而在相控阵雷达系统成熟的现在，远程探测可以交给舰体上的共形相控阵天线，根本不需要设置外部舰桥，只需要内部的CIC指挥中心即可。
而为了安全起见，指挥中心可以设置在舰艇内部，由重重装甲保护。而且为了防止被一击全灭，可以设置功能可替代的多个CIC，每个指挥中心还分隔为多层，分别负责探测航行、攻击防御、损害管制等等。 而舰长的座位则可以像科幻作品里那样带有滑轨，可以快速在各层之间进行移动。
而出于人类观察星空的心理，以及对接进港时的目视需要，可以在舰体外部设置几处全景天窗，其外形类似于国际空间站上的那种，由值班人员轮流坐上去瞭望警戒，其实也就足够了。
所以真正的太空战舰，应该是没有带玻璃窗的舰桥的。它们的指挥中心，应该是隐藏在舰体内部，由厚重装甲层层保护着的。而且出于防护和损害管制的需要，还会比较狭小而且阴暗，必要时候甚至可以作为可脱离的小型救生艇使用。
