佛陀的教义被区分为「密教」和「显教」，这是密宗的新做法。南传和其他大乘宗派都不承认这种划分法。一些宗派甚至不承认密宗是佛教。
释迦牟尼创立佛教之初，提出了四谛、八正道的修行法门，主要保存在【阿含经】中。约两百年后，佛教分裂为各个部派，互相辩论中出现了大量的「阿毗昙」（论书）。为了批判阿毗昙，而出现了说空部、般若部、宝积部等早期大乘佛教。
随着大千乘佛教的兴起，佛陀被神化，而且十方世界皆有佛，无量无边，超过恒河沙数。大乘佛教将早期的根本佛教、部派佛教统统贬称为「小乘」。
大乘经典不断出现于世，至在公元7世纪时，大乘佛教中的「佛」有了三身：
一者法身佛。又称自性受用身，其实质就是佛法的内涵，与真如、法性、觉悟、涅槃同义。已脱离了「身体」的含义，等同于世间万物的本来面目。「毗卢遮那」即是法身如來。
法身如來在宇宙中无处不在，无时不在。但却无形无相，不能直接用语亏描述。
二者报身佛。又称他受用身，是指经历三大阿僧诋劫修行者的圆满报身，因其修行圆满拥有感应所得的佛国净土。这里一般指已经成佛的果位。报身佛为进入较高修行阶位的菩萨说法，但并不专指释迦牟尼佛，而是指无量无边的报身佛。
三者化身佛。又称变化身、应化身。是指佛为教化救度众生而显现于世间的佛身，也是数量无边，有多少世界，就有多少化身佛。释迦牟尼佛是出现于人类世界，专门来救渡人类的化身佛之一。在其他世界还有无量无边的化身佛。
随着「三身佛」的出现，秘密佛教（简称「密教」）应运而生。
密教宣称他们的教义是来自法身大日（毗卢遮那）如來的宣示，不仅超越于声闻、缘觉二乘，也超越了所有的大乘宗派，是大日如來义蕴深奥能普度一切众生之密教，而将以往的佛教经、律、论三藏称为「显教」。
【大日经】将佛的教法分为「五乘」：佛乘、菩萨乘、声闻乘、缘觉乘、人天乘（凡夫乘）。而密教却将本宗置于五乘之上，自称「无上乘」。
密教并不认为自已是大乘佛教，而是超越于大乘之上的。
【菩提心论】将密教称为「真言乘」。认为凡夫乘执着于名闻利养，恣行三毒五欲，声闻缘觉乘虽破我执，但仍有法执，难以达到解脱，大乘主张经三大劫才能成佛，所习法散，致有次第。而修持真言密教，发菩提心，以大悲为怀，誓愿利益安乐一切众生，通过修持无上瑜伽，就能永超二乘大乘境界，能从凡夫入佛位。
佛教史上，对密教有很多不同的称法，或称如來秘密藏、毗卢遮那宗，无上瑜伽道、瑜伽宗。后来则有真言乘、金刚顶宗、毗卢遮那乘、秘密乘、金刚乘等名称。
【辨显密二教论】中列举大量经典对显教、密教的论述。认为佛有三身，而教有二种。应化开说名曰「显教」。言略逗机，法身佛所说谓之「密藏」。
认为显教是化身佛（释迦牟尼）所说，而密教是法身大日如來所说。所以密教并不奉释迦牟尼为教主，而是以法身如來为本尊。
有人曾问唐朝的空海法师：显、密二教，其别如何？
空海答：他受用、应化身随机之说，谓之显也。自受用法性佛说内证智境，是名秘也。
按照这种说法，密教以外的佛经皆是属于他受用身应化身佛适应众生的根机而说，教义浅显、浅略，所以名之为「显教」。显不是指公开，而是指浅显。
而由自受用法性佛（法身如來）为自己眷属所说的自证知的智慧境界，教义深奥、秘密，难为一般人解悟，称为「密教」。此密不仅指秘密，重在深密。
密教所说的自受用法性佛，也就是【大日经】中的大毗卢遮那佛，意译大日佛、大日如來。经上说大日如來光明遍照，显现于大千世界在在处处，随时显现种种形象，通过身、语、意向众生演示宣说深妙密法。
【大日经】上说：「毗卢遮那一切身业，一切语业，一切意业，一切处，一切时，于有情界宣说真言道句法。」
这当然是密宗的一家之言。任何一个宗派在判教时，一般都会将其他宗派判为不了义、粗浅、不究竟、多劣，而将本宗判为了义、无上丶深邃、究竟、优胜。
但由于密宗是佛教中zui后出现的宗派，对以往各宗各派进行了批判吸收，取长补短，也确有其优胜之处。
