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休谟曾对上帝存在的设计论证明和宇宙论证明以及莱布尼兹的神正论都进行过无情的批判，他认为所谓的「宗教神迹」不过是有人在欺骗而又有人轻信而上当受骗而已，
提出旧约里的「摩西五经」是一个野蛮而无知的民族提供给我们的，且是在他们更野蛮的时候写的。但休谟做出这种严厉批判的动机并不是要彻底颠覆宗教信仰，只是对理性神学为宗教信仰的各种拙劣的牵强附会的证明感到不可忍受而已，他强调一个怀疑主义者不是怀疑上帝的存在，而只是怀疑上帝存在的各种证明，这些证明是人们凭着自己的有限理性对上帝的性质妄加臆断，而真正体会到自然理性缺陷的人，会以极大的热情趋向天启的真理，只有傲慢的独断论者，才会坚信他仅凭哲学之助就创立一套完全的神学系统。事实上，休谟虽然极力反对理性神学，但他自始至终都是一个虔诚的有神论者，并在出使法国时的一次沙龙聚会上说，世界上应该没有真正的无神论者，无神论者是令人无法理解的，结果遭到周围很多法国启蒙思想家包括伏尔泰、狄德罗等无神论者的嘲笑。
休谟彻底贯彻了经验主义的原则，而以理性思辨为原则和方法的形而上学理所当然遭到了休谟的无情批判，因为在休谟看来，超出了人们经验的大量形而上学概念都只是一些诡辩和幻象，他始终坚持「我们的观念超不出我们的经验」这一原则。但是，经验主义走向极端必然会导致不可知论和怀疑主义，因为人们的经验经常是变化的、不可靠的、因人而异的，经验无法带来普遍性和必然性，所以，休谟的彻底经验论在终结了唯理论的同时也终结了经验论本身。休谟在哲学上的伟大贡献不在于他的怀疑主义或不可知论观点，而在于他提出的问题，这些问题至今也没有得到彻底解决，比如他明确提出人没有灵魂的观点，即不存在所谓的精神实体；他还第一次提出了事实判断和价值判断的问题，认为支配人行为的不是理性而是情感，理性只是情绪的奴隶；最震撼人心的是他否定了因果律的普遍必然性，认为人们是凭借经验发现了因果律，因果律来源于人们的归纳法，而归纳法只具有或然性而没有必然性，经验重复一万次还是经验而不可能成为真理，今天我们也无法给出地球上的天鹅要么是白的要么是黑的结论，因为我们无法考察完地球上所有的天鹅。
休谟认为从经验事实中得出的结论只能作出选言判断或特称判断而无法作出全程判断，只有或然性没有必然性，因果律只是根据经验得来的习惯性联想而不是理性思维的结果。休谟对归纳问题的因果律的否认动摇了人们长久以来很多理所当然的观点，直至动摇了科学的基础，因为归纳法是科学研究的常用方法。归纳法问题或因果律问题因此也被称为「休谟问题」，并且成为当时每一位哲学家都必须要回应的问题。关于归纳法和因果律罗素曾讲过这样一 个故事，在一个火鸡饲养场里，有一只火鸡发现，不管是星期几、几月几号，也不管是雨天晴天、热天冷天，主人都会在早上7点来给火鸡喂食，于是它得出结论：每天上午7点主人喂食是一条具有普遍必然性的客观规律。但是，事情并不像它所想象的那样简单和乐观，在圣诞节前夕，当主人把它宰杀的时候，它才发现通过归纳法而得到的结论被无情地推翻了。
事实上，动物都具有条件反射功能，巴甫洛夫的狗之所以听到铃铛声响就分泌唾液，就是运用了归纳法，它相信铃铛想起就会有食物到来，这样看来，归纳法里的因果律实际上只是一种信念或习惯上的联想，对于那种短时间就有结果的归纳法人们很容易知道错在哪里，但对一些很长时间才会有不同结果的归纳法人们往往就深信不疑，人们很容易就发现不是鸡鸣导致了天明，而刚好相反，但对于太阳明天可能不再升起的说法不屑一顾，认为这是杞人忧天的荒谬观点。人类统治地球不超过10万年，而恐龙家族曾经统治地球近2亿年，对恐龙来说，在如此漫长的时间里，地球上到处长满可口的桫椤植物，气候温和，环境良好，每天太阳东升西降，每年四季交替循环，无数的恐龙前辈们早就归纳出地球就是它们永恒的幸福家园，它们宗教般虔诚地信奉着这一规律，它们甚至还会编造出一个无所不能的上帝在掌控和保佑着这一切，直到6500百万年前一颗外太空小行星的到来，恐龙的归纳法还有它们的宗教才遭到了彻底失败。
休谟对形而上学和神学的批判、以怀疑论解构了笛卡尔的物质和精神两大实体以及对因果关系的重新界定深深触动了康德，康德曾说过形而上学自从诞生以来从来没有遭受过像休谟给出的那样大的打击，是休谟打断了他独断论的迷梦，使他彻底从教条主义中清醒过来。眼看着形而上学的大厦即将倒塌，康德心急如焚，他不能接受一个没有形而上学的世界，他虽然不相信基督教的上帝，在他看来能够拯救人们灵魂的不是教堂里的耶稣，他也基本不去教堂做礼拜，但是在他心中有另一个更加确信的上帝，这个上帝就寄寓在道德形而上学这座神殿之中，这个形而上学不是传统的那个形而上学，传统的形而上学把经念歪了，遭到了大家的反对和唾弃，他决定重建形而上学，这时他已经50岁了，他开始点灯熬油，夜以继日的思考和写作，通过对人类理性的彻底批判找到了传统形而上学的致命之处，他发现人在认知过程中并不像人们通常所认为的那样，把外部对象当成一个独立的客观存在，然后通过理性去认识它或反映它，而是人类理性是按照自己的方式和逻辑结构在外部对象的刺激下建造起来的一个外感世界，
他称这个由人建造起来的外感世界为表象世界或现象界，他认为人类理性只能认识现象界，而那个刺激人们感觉的外部世界到底是怎样的我们不得而知，他称之为物自体或自在之物，也就是说人的认知过程和逻辑结构不是观念符合对象，而是对象要符合观念，康德因此揭示了一个伟大的秘密，就是人类对世界的认识不是世界给予我们的，而是我们构造出来的，并且是按照我们「希望」的方式构造出来的。康德称这种方式为哥白尼式的革命，也是他那句人人皆知的命题「人为自然界立法」的根据和来源，他称人的这种认知模式和逻辑结构为知性范畴，范畴是人的一种先天认识形式。所谓先天是指逻辑上的在先而不是指天生或时间上的在先，是指独立于经验并且成为经验形成的条件，他认为只有先天的才具有普遍必然性，以此来回应休谟问题，他借用亚里士多德的范畴表和形式逻辑中的判断形式总结归纳出了12大知性范畴，他认为人的理性就是按照这12个范畴建立起世界的逻辑结构的。
这些范畴是我们形成经验的先决条件，离开了这些范畴我们就不可能形成经验，认识也就不会发生，也就是说只有符合知性范畴的外部刺激（感性杂多）才能被理性所认识。知性范畴就像一个过滤器，只有通过这个过滤器的东西才能被理性所认识，所以人类理性的认识能力是有限的，如果人们试图用理性去认识知性范畴这个过滤器之前的事物，比如自由意志、灵魂不朽和上帝存在等等这些超验对象，就会导致二律背反，二律背反就是指正反两种自相矛盾的说法都成立的命题，由于超验对象超出了我们经验的范围，我们无法对它们形成知识。这样，康德就把世界分成了可以认识的现象界和不可知的物自体两个部分，这就是他的二元论和不可知论的来源。
这样一来，实体和因果律就摇身一变被康德纳入12个范畴表中了，成为人们认识世界的前提条件了，因果律也因此而变得有效了，并具有了普遍性和必然性了，但他并没有正面证明因果律的有效性，在康德看来，知性范畴这种先天认识形式，来源于人的理性，是不证自明的，相当于笛卡尔的天赋观念或者莱布尼兹的「大理石花纹」。所以，康德并没有直接回应休谟问题，而是通过回答先天综合判断如何可能，把因果律纳入人的知性范畴来巧妙地回避了休谟问题，又是什么保证了人的先天综合判断具有普遍性和必然性，归根结底还是因为上帝的存在，是上帝保证了人先天就具有知性范畴，并保证其有效性和正确性，也就是说休谟问题在康德那里并没有得到彻底坚决，事实上，休谟问题至今也没有得到彻底解决。
归纳法和演绎法成为当今科学研究的两大方法，但休谟告诉我们归纳法只具有或然性，并不具有普遍性和必然性，从这个角度看，科学远不像人们想象的那样客观和可信，科学具有天生的逻辑缺陷，这种情况在一定程度上说明早在波普尔之前两百年，休谟就印证过波普尔的科学可证伪性的判定原则。
