康熙十三年（1674年）四月十三日，也就在吳三桂棄用康熙年號建立大周政權（轄湖南、廣東半部、廣西、雲南、貴州、四川、陜西南部小部份和甘肅南部小部份）自稱周王不久，康熙帝立即將吳三桂的世子 吳應熊 還有吳三桂的孫子 吳世琳 處死，以震懾其他藩王。
「吳應熊及其子吳世琳處絞，其余幼子及公主俱免死幽禁」。
當時的吳三桂正在飲酒，他正沈浸在對未來的美好規劃中。當聽到兒子被殺時，吳三桂頓時臉色大變，渾身發抖，酒杯從手中滑落，摔到地上被打得粉碎！喪子、喪孫之痛，使他痛徹心扉，忍不住老淚縱橫，長嘆一聲，說：「今日真是騎虎啊!」當即「魂迷意亂，氣阻神昏」。
一、吳三桂造反前曾派人解救吳應熊
吳三桂有兩個兒子，長子吳應熊。次子吳應麒，不過他已過繼給吳三桂的哥哥。
吳應熊是吳三桂的妻子張氏所生，他一表人才，重情重義，是吳三桂的世子，以後是要世襲吳三桂的親王爵位的。
因吳三桂兵權在握，曾在山海關前的一念之差，決定了清軍的入關之路，清廷封吳三桂為「平西王」，管轄雲南、貴州、四川等地權傾西南大地。
吳三桂的勢力長期以來都為皇帝所忌憚。朝廷方面權衡利弊，由孝莊太後主婚，將皇太極的第十四女、13歲的 碩恪純長公主 下嫁給吳三桂的兒子吳應熊。這樣一來吳應熊就以額駙的身份留居京師，成為清廷的人質。
這場政治婚姻，表面上看是為了表彰吳三桂的功勞，實際上是為了威懾並束縛吳三桂，吳應熊的留京等於給吳三桂戴了個緊箍咒。
8年後，順治帝駕崩了，多爾袞也死過11年了，6歲的康熙帝繼位。就在康熙繼位的第一年，吳三桂就送上一份大禮，他將南明永歷帝朱由榔殺死於昆明。清廷晉封吳三桂為親王，並命貴州省亦屬管轄。吳三桂遂久鎮雲貴。
之前都是多爾袞和順治帝和吳三桂打交道。自從他們兩個不在後，康熙和吳三桂之間互不信任。天高皇帝遠，吳三桂在邊遠之地猶如土皇帝，又娶妻生子，日子過得很瀟灑。
在康熙帝19歲時，決定削藩，削三個漢族藩，即雲南平西王吳三桂、廣東平南王尚可喜、福建靖南王耿精忠。
也就是說，康熙帝要把以前明朝投降過來的漢族藩王都給削了，剝奪他們的軍權、財權等一切權利，把他們削的片甲不留，如若再不聽話就將他們轟成炮灰永絕後患。
康熙首先撤了尚可喜的藩王位，吳三桂心裏七上八下的，「城門失火，殃及池魚」，他自然知道下一個遭殃的就是他了，就算他不反也不會有好結局。
康熙殺鰲拜眼睛都不帶眨一下的，他會允許吳三桂這樣的人物活著？就算讓他活著也是暫時的，早晚得清算，說不定會交給雲南百姓，做他們的刀下鬼。再說，吳三桂當時有能力和清廷一決高下，他為什麽不反？吳三桂不反就徹底成為刀板上的魚肉，就算他不反，他身後所代表的利益集團也不會同意，他的二兒子吳應麒驍勇善戰更加支持他造反。
從各方面來說吳三桂不反也得反。
這點也在康熙帝的意料之中。康熙認為，吳三桂和朝廷對立已久，
「撤亦反，不撤亦反。不若及今先發，猶可制也」。
由於吳三桂坐鎮雲南已有十四年之久，兵多將廣在軍事上積累了雄厚的實力，更是對周圍的地形了如指掌，在反叛之初，叛軍勢如破竹，連下貴州全省，繼而挺進湖南。
吳三桂的叛亂，如同一石激起千層浪，迅速在各地引起了連鎖反應。福建靖南王、廣東平南王二藩同樣手握重兵，見吳三桂起事，紛紛揭竿而起，與吳三桂遙相呼應。
吳三桂在各地的黨羽，更是如雨後春筍般湧現。如四川之鄭蛟麟、譚弘、吳之茂，廣西之羅森、孫延齡，陜西之王輔臣，河南之蔡祿等也先後揭起叛旗，紛紛響應。一時之間，形勢對吳三桂相當有利。
此時的吳應熊和建寧公主已結婚21年，建寧公主先後為吳應熊生育了五個孩子，長子吳世璠，次子吳世琳，夫妻感情深厚。
吳三桂考慮到自己在京城的子孫後代，在起兵前夕，特別交代密使偷偷去京城，將兒子吳應熊及孫子接出來，可令他萬萬沒想到是，在宮中待了20多年的吳應熊很留戀那裏，他放不下妻子，說什麽也不肯回昆明，他存在僥幸心理，認為康熙看在建寧公主的面子上不會那麽絕情。他把康熙帝「將提前削藩之策」告知吳三桂，讓使者將大兒子吳世璠秘密帶出了京師。
二、、康熙帝不顧姑姑的哀求，處死她的丈夫和兒子
康熙帝馬上派專使至滇，雷厲風行地進行撤藩事宜。康熙十二年（1673年）十一月，吳三桂誅殺雲南巡撫朱國治，自稱天下都招討兵馬大元帥，提出「興明討虜」，起兵造反。
吳三桂的反叛引起了康熙的高度警覺。為了杜絕吳三桂和吳應熊的裏應外合，他立刻將吳應熊拘禁投入大牢。朝中納蘭明珠等一些大臣，紛紛請求將吳應熊和吳世琳處死，以絕後患。
吳應熊夫妻二人十分恩愛，建寧公主苦苦哀求侄子康熙帝，求他放過吳應熊及兒子，康熙帝看在姑姑的面子上不忍心殺吳應熊，但為大局考慮，不得不殺。就這樣，吳應熊和兒子吳世霖被殘忍處死。建寧公主悲痛欲絕，後悔那晚沒有讓吳應熊及兒子早點逃出京師。
三、吳三桂的反擊
吳三桂聽聞子孫慘遭毒手的噩耗，他心如刀絞，失望、痛心、憤恨一齊湧向心頭，幾乎窒息昏厥，他後悔將康熙想的太膚淺了，他以為康熙會顧及其子與清廷的關系而不致傷害，20多年來吳應熊對清廷忠心耿耿，是康熙帝親封的少傅兼太子太傅，「初得湖南還望生得其子。」吳三桂曾以為，加上他的勢力足以讓康熙帝投鼠忌器，不會輕易對吳家下手。可誰知看似榮耀無限，實則步步驚心。
如今子孫都被殺死，他才意識到康熙遠非他想的那般低能，現實以最殘酷的方式告訴他，在權力的遊戲中，沒有永遠的盟友，只有永恒的利益！康熙帝，這位看似溫文爾雅的年輕帝王，實則心深似海，手段狠辣，遠非他所能揣度。
吳三桂懊悔不已，但已成騎虎之勢，只好硬著頭皮拼下去，為了子孫的血不白流也要拼下去。
他的孫子吳世璠被解救到雲南後，康熙帝緊鑼密鼓對其搜捕，他下令包圍「斬草除根」， 吳三桂起兵時，讓吳世璠留居雲南。
可是，吳三桂的叛亂之路並非一帆風順。隨著戰事的深入，清廷逐漸穩住了陣腳，開始調集全國之力進行平叛。康熙帝展現出了非凡的政治智慧和軍事才能，他一方面派遣重兵圍剿叛軍，另一方面則采取分化瓦解的策略，進行離間吳三桂與其他叛軍之間的關系。接著，王輔臣投降，耿精忠反正，尚之信歸順清廷……
吳三桂做著垂死掙紮。
四、吳三桂稱帝
康熙十七年（1678年），衡州衡山之巔，雲霧繚繞之中，吳三桂為了鼓舞士氣，在此設壇，舉行稱帝大典，國號為周，年號昭武，以衡州為「定天府」。他望著人間美景，內心深處充滿了對皇權無上榮耀的渴望與向往。吳三桂從降清封王到反清復明，到登基稱帝，他所走的每一步都深刻地影響著歷史的行程。
為了鞏固新政權，吳三桂進行了一系列的人事調整與軍事部署。他吳應熊的生母張氏為皇後，立吳應熊的唯一活下來的兒子孫吳世璠為皇太孫。同時，他重用親信，讓女婿郭壯圖、方光琛等，為大學士，參與國家大事的決策，形成了以自己為核心的權力網絡。
在軍事上，他設立雲南五軍府兵馬司，改留守六曹為六部，加強了對軍隊的控制與排程。此外，他還晉封胡國柱、吳應麒等人為大將軍，王公良、巴養元等人為將軍，並賜予他們國公、郡公、侯、伯等爵位，以激勵士氣，穩固軍心。
正在舉行稱帝儀式時間，突然風雨大作，吳三桂的登基典禮短暫而倉促，成為吳三桂一生的遺憾。
吳三桂雖然完成了稱帝的夢想，吳三桂的叛軍雖然勇猛善戰，但終究難抵康熙所派的大軍的圍剿。加上吳三桂的內部各將領之間因利益紛爭而暗流湧動，戰鬥力急劇下降，另外民心向背，使吳三桂的「周」國的統治搖搖欲墜。再加上吳三桂本人年事已高，這位昔日曾馳騁疆場、威風凜凜的平西王對於局勢的掌控已不盡如意。
到了康熙十七年（1678年）八月，吳三桂得了不治之癥「中風噎嗝」、「下痢」， 即便是宮中太醫傾盡所能，用盡奇珍異藥，也終究無力回天。吳三桂自知將不久於人世，趕緊讓心腹大臣，接皇孫吳世璠來衡州繼位。吳三桂只做了五個多月的皇帝就病死了。
為了穩定大局防止軍心渙散，叛軍對吳三桂秘不發喪。
五、吳世璠的即位
總理軍務 吳國貴 ，派吳三桂部將胡心水之子 胡國柱 回雲南，迎吳世璠前來衡州奔喪。
當吳三桂的心腹將領胡國柱到達雲南要接回吳世璠時，卻遭到吳三桂的女婿郭壯圖的反對。郭壯圖的女兒嫁給了吳世璠，衛樸的女兒也嫁給了吳世璠，他要幫女兒與衛樸之女爭皇後位，因而堅決不讓吳世璠去衡州。
無論胡國柱怎麽勸說，壯圖就是不聽，胡國柱氣急大哭，在城外東郊來回徘徊許多天，痛哭流涕，郭壯圖絲毫不為所動。
胡國柱只好回去，用棉裹吳三桂遺體，秘密運往常德，再輾轉送回貴州、雲南。吳世璠沒有去衡州，只迎至貴陽，並在此即帝位，以貴陽府貢院為其行在，定明年為「洪化」元年（康熙十八年），給其祖父上尊號「太祖高皇帝」，父吳應熊為「孝恭皇帝」。
當吳世璠召顧命大臣曹申吉等人赴雲南時，只有曹申吉聽調應命，其余皆托故不到。
更為不祥的是，吳世璠即位之日，天象異常，為女兒爭到皇後位的胡國柱在築壇代祭時遭遇「陰風疾起，燈燭皆滅」的詭異景象。這一幕，被後世史學家視為天意難違、吳氏氣數已盡的象征。
六、面對清軍的進攻打，逃跑加窩裏鬥
吳世璠雖匆匆繼位，但面對內憂外患的嚴峻形勢，難以獨撐大局。經過一系列的變故，吳軍軍心渙散，面對清軍的攻城，堅守嶽州的吳三桂的侄子 吳應期 棄城逃跑，清軍蜂擁渡江如入無人之境，吳軍全線潰退。吳應期、胡國柱、王緒等一溜煙逃到辰州。
吳應期從湖南逃到貴州，去朝見逃到昆明的吳世璠，把一切責任推到方光琛身上，內部互相傾軋。
隨從吳世璠從貴陽逃回雲南的吳應期，有了叛變之心。他一路上招集散逃兵士，沒有去昆明，而是在交水（今曲靖附近交河）駐紮。他打算繼續集結逃散的吳軍，然後回昆明搞宮廷政變，廢黜吳世璠，取而代之。
吳應期的反常舉動引起郭壯圖的註意，他識破了吳應期的險惡用心，馬上派遣吳將線率軍前去，用計策騙過吳應期，當場用繩子勒死了他。接著郭壯圖又把吳應期的兩個兒子吳世琚和吳世珵一並勒死。
吳應期父子一死，吳氏政權完全被郭壯圖掌控。才16歲的吳世璠，面對內部傾軋，骨肉相殘；面對吳氏政權逐步削弱，人心的渙散，根本無所適從，整個吳氏集團陷入了前所未有的困境。
清兵圍城半年多，吳世璠盼望馬寶等人的救援早已化為泡影，但他們仍不願投降。清軍向城內射出一封封招降書，吳世璠拒絕投降。城內已斷糧食，守城將領也無心作戰，打算早降。
余從龍、吳成鰲偷偷投降清軍，將城中軍情出賣。吳將線、吳國柱、吳世吉、原任都統何進忠、林天擎等密謀，準備發動兵變，欲逮捕吳世璠、郭壯圖獻給清軍。
七、吳氏政權的滅亡
康熙二十年（1681年）十月二十八日，16歲的吳世璠陷入四面楚歌、孤立無援的絕境，他立即穿上皇帝的服裝，登臨大殿，他的眼中沒有恐懼，只有決絕與解脫，他舉刀自刎，一刀未死，又朝喉管抹了一刀，血流如註，一頭栽倒在血泊之中。
他的皇後郭氏也展現出了令人動容的忠貞與決絕，她沒有選擇茍且偷生，上吊自殺。宮中從死的達百余人，有的是自幼陪伴吳世璠長大的貼身侍衛，有的是對皇室充滿敬仰與忠誠的宮女……
也就在同一年，建寧公主所生的其他幼子，還有吳應熊的所有庶子，也被康熙帝一並處死。39歲的建寧公主徹底被擊垮，她失去了丈夫的依靠，時隔7年她聽聞她牽腸掛肚的長子自刎、又一次親眼目睹幼子的慘死，心中的痛苦和絕望可想而知。
吳將線砍下吳世璠的頭顱，帶兵丁闖入郭壯圖家，殺死郭壯圖心腹郭得勝。郭壯圖和兒子郭宗汾皆揮劍自刎。
接著吳將線等將官開啟昆明城門，向清軍投降，吳世璠的首級及夏國相、馬寶等人被押解到北京。歷時八年的三藩之亂結束，康熙取得了徹底的勝利。
康熙對吳三桂恨之入骨，死後也沒有放過他。1682年正月，他下令將死去4年之久的吳三桂剖棺戮屍，付之一炬揚其灰，以警告那些不忠不孝的臣子，並將吳世璠的首級交刑部懸掛城門示眾，將吳三桂的女婿夏國相淩遲處死。
慫恿吳三桂起兵並為其謀劃的 方光琛 和他的侄子 方學範 、兒子 方學潛 被擒獲後立即處死。馬寶雖然投降，但他罪大惡極，而且是在走投無路的時候才投降的，不能饒恕，康熙下令，將馬寶押赴到京，淩遲處死。
建寧公主成了清朝最悲慘的公主，作為無子無夫的孤寡老人，在深宮中淒涼度日，夫妻永不能再見，母子永不能相逢，最終抑郁而終。
總結：
吳三桂投降了清軍，為清軍賣命差點認滿清為祖宗，他親手將南明永歷帝勒死在十字坡，還 殺害了朱由榔的兒子以及眷屬，共計25人。他 為滿清奮鬥了大半生後，又 打著反清復明的旗號走向反叛之路，導致他最愛的兒子吳應熊被殺，當得知自己失去了可以倚重的兒子時 吳三桂心如刀絞，臉色大變，雙手顫抖，他深知，自己已失去了最寶貴的依靠和寄托。
吳三桂兒孫的被殺，導致後繼無能人，最終家破藩撤。 可憐建寧公主淪為政治的犧牲品，孤獨活了30年抑郁而終。
