周伯通很困惑，他不過就是和黃藥師玩彈珠珠的遊戲，然後自己輸了，就把九陰真經下部借給黃夫人馮蘅看了兩遍嗎，黃夫人說，這九陰真經是假的，被歐陽鋒掉包了，周伯通就信了，一怒之下就把這下部經文給燒了，然後就跑回去閉關修煉武功，想要日後找歐陽鋒索書。
可是，沒過多久，周伯通就聽到訊息，說黃藥師的徒弟黑風雙煞從桃花島偷走了九陰真經下部，還練成經書中所載的精妙武功，到處為非作歹，而這經書並不是黃藥師從歐陽鋒那裏奪來的，而是從周伯通手裏偷的。
周伯通無比震驚，來到桃花島找黃藥師理論，才知道，那日黃藥師的夫人馮蘅借閱了周伯通的經書，雖然只看了兩遍，卻一字不漏地記住了，回頭就默寫出來給黃藥師了。
可黃藥師心思縝密，卻百密一疏，沒藏好經書，讓徒弟陳玄風和梅超風給盜走了，黃夫人為了安撫黃藥師，想再默寫一遍，奈何時隔數年，她再難完整回憶起經書內容，又身懷六甲，苦思幾日幾夜，不僅未能默寫完經文，還因為心智耗竭，導致早產，生下一個女嬰就撒手人寰了。
黃藥師本就愛遷怒於人，又遇徒弟盜書，愛妻逝世，早已心智失常，與周伯通一言不合就大打出手。
【1】重傷嘔血
這是周伯通和黃藥師第一次交手，周伯通的武功遠遠不及五絕，他被黃藥師打得重傷嘔血，打斷了兩條腿，還被困在桃花島的山洞中長達15年之久。
在桃花島山洞裏的15年，周伯通也沒閑著，憑借對武學的一腔熱愛，竟然領悟出了左右互搏術這種變態武功，直接將他的戰力提升了一倍，此外，他又領悟出了天下至陰至柔的拳術空明拳，連金輪法王的千斤重拳對上他的空明拳，都如同打在了棉花上，無處著力。
之後，周伯通又透過教授郭靖九陰真經，不知不覺自己也修煉了經文。
【2】實力逆轉
當周伯通走出桃花島山洞之時，他再也不是那個與五絕相差甚遠的周伯通了，他與黃藥師進行了第二次對決，這一戰，可以說相當精彩。
黃藥師用上自己最得意的武功落英神劍掌，誰承想20多招打出去，竟然碰都沒碰到周伯通，因為周伯通用的閃躲身法，正是九陰真經中的「蛇行貍翻」之術。
後來黃藥師怒了，全力以赴，「拳鋒到處，猶如斧劈刀削一般，周伯通的衣袖袍角一塊塊地裂下，再鬥片刻，他長須長發也一叢叢的為黃藥師掌力震斷。」
這個打法，但凡周伯通被黃藥師打中一招半式，不死也得重傷。接著黃藥師「左掌橫掃過來，右掌同時斜劈，每一掌中都暗藏三招後繼毒招」，周伯通身法再快，也難躲閃，只得雙膀運勁，蓬的一聲，繩索崩斷……
然後，周伯通為了不違背對師兄的誓言，非要改用單手對戰，「他本身武功原不及黃藥師精純，右手上架，被黃藥師內勁震開，一個踉蹌，向後跌出數步。」
接著，黃藥師的雙掌與周伯通的單掌一交，勁力送出，騰的一響，周伯通便坐在地上，閉上雙目，哇地吐出一口鮮血，臉色登時慘白如紙。
觀戰的眾人都認為，只要周伯通雙手齊出，好好與黃藥師打，就算勝不了，也不會敗落。
可見，在這個時候，周伯通實際上已經不次於黃藥師了。周伯通自己也說：「老頑童上了自己的大當，無意之中竟學到了九陰奇功，違背師兄遺訓。若是雙手齊上，黃老邪，你是打我不過的。」
黃藥師沒有反駁這話，他認為周伯通所言非虛，選擇了預設。
這一戰，雖然黃藥師贏了，但是，他與周伯通二人的實力，已經出現了逆轉。
【3】平手
黃藥師和周伯通的第三戰，周伯通也沒盡全力，這次他沒有使用左右互搏術和九陰，僅使用了空明拳，黃藥師明顯感覺到周伯通「拳法雖極精奇，勁力卻已較前減弱」，這一戰二人打了個平手……
可見，周伯通單用空明拳，就能打平黃藥師，一旦他火力全開，加上左右互搏術和九陰真經，黃藥師還有贏的可能嗎？
其實，對於絕頂高手而言，武功練到一定程度後，想要再進步一點點，已是千難萬難，正所謂「百桿尺頭難進一厘」，絕頂高手到最後，拼的已經不是功法本身，而是奇遇或機緣。
神雕時期，黃藥師的武功就已經基本止步不前了，體力也在逐步下降，內功雖然更加精深，但也難以成為對戰同級高手的絕對優勢了。
而周伯通在神雕時期，實力還在不斷增長，他所修的全真派內功，在他年紀大了之後內力反而增長更快，左右互搏術、空明拳也更加精益求精，雖然他努力忘記九陰真經，但不是相忘就能忘記的，其實，九陰真經早已被他內化，融入他所修的武學當中，此時的周伯通，實力早已超越了老五絕，黃藥師早就不是他對手了。
所以，到了第三次論劍，還用打嗎？但凡有希望贏，黃藥師能不打嗎？他心裏清楚得很，他再也沒辦法打贏周伯通了，只能心服口服地承認周伯通是天下第一了。
