從垂直方向上我們可以將主要建築分為塔基、塔身和塔頂三個部份。塔基 是一個邊長為123米的正方形，高4米。塔身 由五層逐漸縮小的正方形構成。第一層距塔基的邊緣7米，然後每層以兩米的差距縮小，留下狹長的走廊。塔頂 由三層圓形構成，每一層上建有一圈多孔的舍利塔，三層的舍利塔形成三個同心圓。正中是一座主要的圓塔，圓塔的頂端是整座建築的最高處，離地35米。波羅浮屠每一邊的中間都有入口，總共有32只石獅子看守著4個入口，每個入口都有台階通向塔頂。佛塔的主入口在東邊，浮雕上的故事從這裏開始。山坡上有台階通往山下的平地。
佛塔頂層
佛塔的三個部份代表著通往佛教大千世界的三個修煉境界，即：欲界 （Kamadhatu）、色界 （Rupadhatu）和無色界 （Arupadhatu）。塔基代表欲界，五層的塔身代表色界，而三層圓形的塔頂和主圓塔代表無色界。色界細致裝飾的方形在無色界演化為毫無裝飾的圓形，象征著人們從拘泥於色和相的色界過渡到無色界。
1885年人們在塔基的下面發現了一個隱藏的部份。這部份隱藏的塔基裏刻有浮雕，其中的160幅描繪了真實的欲界。現存的浮雕上有簡短的銘文，似乎是給雕刻師的指示和描繪要雕刻的場景。人們起初認為隱藏的塔基是為了防止山體下沈。另一種理論根據印度古代一本關於建築和城市規劃的著作Vastu Shastra認為，隱藏的塔基由於設計錯誤被上層的塔基代替。
波羅浮屠有大約2670塊浮雕，其中1460塊敘事浮雕、1212塊裝飾浮雕，覆蓋了建築的立面和回廊。浮雕的總面積達2500平方米，分布於隱藏的塔基和塔身。敘事浮雕被分為11組，環繞整座建築，總長三公裏。第一組浮雕在隱藏的塔基中，其余十組從波羅浮屠東門開始分布於塔身的下面四層。墻上的敘事浮雕順時針分布，而回廊上的反方向分布。這種分布方式符合佛教徒朝拜聖跡時的右旋禮：信徒順時針繞行，而聖跡常在右側。隱藏的塔基裏的浮雕敘述了佛教的因果報應律。塔身第一層墻上的浮雕分上下兩欄，每欄各120塊石板。上欄敘述了佛陀的生平，下欄和塔身第一、二層的回廊一起敘述了佛陀的前生（本生）。其余的浮雕敘述了善財53參修成正果的故事。
除了石頭上雕刻的佛教大千世界故事之外，波羅浮屠還有許多佛像 。雙腿交叉的佛像 端坐於蓮花座上。它們分布於塔身（色界）的五層正方形和塔頂（無色界）的三層圓形上。塔身的佛像供奉於壁龕（kan）中，在欄桿的外側圍成一圈。隨著面積逐層縮小，佛像的數目也逐層遞減。塔身的第一層（最底層）有104個壁龕（kan），第二層有104個，第三層88個，第四層72個，第五層64個，總共432尊佛像。塔頂的佛像被安放在多孔的舍利塔內，第一層（最底層）有32座舍利塔，第二層24座，第三層16座，總共72座。塔身和塔頂的佛像共計504尊，其中300多尊被部份破壞（多數缺頭），而43尊全無蹤影。
損壞部份
起初看來這些佛像大同小異，然而它們的手勢（印相）有微妙的差別。塔身的佛像共有五組印相，根據大乘佛教的說法代表著五個方位：東（右手結鎮地印，左手結根本定印）、西（雙手結根本定印）、南（右手結施願印，左手結根本定印）、北（右手結施無畏印，左手結根本 定印）、中（雙手於胸前結講經印）。塔身從下而上的四層佛像手結前四種印相，它們的印相與面對的方位對應。塔身最上層佛像一律雙手於胸前結講經印。每種印相代表五方佛（或稱「五智如來」）的一方，分別是東方金剛不動佛（不動如來），西方阿彌陀佛（無量光佛、無量壽佛、無量光如來等），南方寶生佛（寶生如），北方不空成就佛（不空成就如來），中央毗盧遮那佛（大日如來）。塔頂的佛像則是結轉法輪印的釋迦牟尼 。
頂層佛像——釋迦牟尼
