佛陀的教義被區分為「密教」和「顯教」，這是密宗的新做法。南傳和其他大乘宗派都不承認這種劃分法。一些宗派甚至不承認密宗是佛教。
釋迦牟尼創立佛教之初，提出了四諦、八正道的修行法門，主要保存在【阿含經】中。約兩百年後，佛教分裂為各個部派，互相辯論中出現了大量的「阿毗曇」（論書）。為了批判阿毗曇，而出現了說空部、般若部、寶積部等早期大乘佛教。
隨著大千乘佛教的興起，佛陀被神化，而且十方世界皆有佛，無量無邊，超過恒河沙數。大乘佛教將早期的根本佛教、部派佛教統統貶稱為「小乘」。
大乘經典不斷出現於世，至在公元7世紀時，大乘佛教中的「佛」有了三身：
一者法身佛。又稱自性受用身，其實質就是佛法的內涵，與真如、法性、覺悟、涅槃同義。已脫離了「身體」的含義，等同於世間萬物的本來面目。「毗盧遮那」即是法身如來。
法身如來在宇宙中無處不在，無時不在。但卻無形無相，不能直接用語虧描述。
二者報身佛。又稱他受用身，是指經歷三大阿僧詆劫修行者的圓滿報身，因其修行圓滿擁有感應所得的佛國凈土。這裏一般指已經成佛的果位。報身佛為進入較高修行階位的菩薩說法，但並不專指釋迦牟尼佛，而是指無量無邊的報身佛。
三者化身佛。又稱變化身、應化身。是指佛為教化救度眾生而顯現於世間的佛身，也是數量無邊，有多少世界，就有多少化身佛。釋迦牟尼佛是出現於人類世界，專門來救渡人類的化身佛之一。在其他世界還有無量無邊的化身佛。
隨著「三身佛」的出現，秘密佛教（簡稱「密教」）應運而生。
密教宣稱他們的教義是來自法身大日（毗盧遮那）如來的宣示，不僅超越於聲聞、緣覺二乘，也超越了所有的大乘宗派，是大日如來義蘊深奧能普度一切眾生之密教，而將以往的佛教經、律、論三藏稱為「顯教」。
【大日經】將佛的教法分為「五乘」：佛乘、菩薩乘、聲聞乘、緣覺乘、人天乘（凡夫乘）。而密教卻將本宗置於五乘之上，自稱「無上乘」。
密教並不認為自已是大乘佛教，而是超越於大乘之上的。
【菩提心論】將密教稱為「真言乘」。認為凡夫乘執著於名聞利養，恣行三毒五欲，聲聞緣覺乘雖破我執，但仍有法執，難以達到解脫，大乘主張經三大劫才能成佛，所習法散，致有次第。而修持真言密教，發菩提心，以大悲為懷，誓願利益安樂一切眾生，透過修持無上瑜伽，就能永超二乘大乘境界，能從凡夫入佛位。
佛教史上，對密教有很多不同的稱法，或稱如來秘密藏、毗盧遮那宗，無上瑜伽道、瑜伽宗。後來則有真言乘、金剛頂宗、毗盧遮那乘、秘密乘、金剛乘等名稱。
【辨顯密二教論】中列舉大量經典對顯教、密教的論述。認為佛有三身，而教有二種。應化開說名曰「顯教」。言略逗機，法身佛所說謂之「密藏」。
認為顯教是化身佛（釋迦牟尼）所說，而密教是法身大日如來所說。所以密教並不奉釋迦牟尼為教主，而是以法身如來為本尊。
有人曾問唐朝的空海法師：顯、密二教，其別如何？
空海答：他受用、應化身隨機之說，謂之顯也。自受用法性佛說內證智境，是名秘也。
按照這種說法，密教以外的佛經皆是屬於他受用身應化身佛適應眾生的根機而說，教義淺顯、淺略，所以名之為「顯教」。顯不是指公開，而是指淺顯。
而由自受用法性佛（法身如來）為自己眷屬所說的自證知的智慧境界，教義深奧、秘密，難為一般人解悟，稱為「密教」。此密不僅指秘密，重在深密。
密教所說的自受用法性佛，也就是【大日經】中的大毗盧遮那佛，意譯大日佛、大日如來。經上說大日如來光明遍照，顯現於大千世界在在處處，隨時顯現種種形象，透過身、語、意向眾生演示宣說深妙密法。
【大日經】上說：「毗盧遮那一切身業，一切語業，一切意業，一切處，一切時，於有情界宣說真言道句法。」
這當然是密宗的一家之言。任何一個宗派在判教時，一般都會將其他宗派判為不了義、粗淺、不究竟、多劣，而將本宗判為了義、無上丶深邃、究竟、優勝。
但由於密宗是佛教中zui後出現的宗派，對以往各宗各派進行了批判吸收，取長補短，也確有其優勝之處。
