早在蔡英文心腹，赖清德在民进党内部的最大竞争对手郑文灿被开刀后，岛内学者就纷纷预言下一个被赖清德打击的对象可能是民众党主席柯文哲。果然不出所料，柯文哲摊上大事了。近日，柯文哲被「抄家」，台北舰船部门对柯文哲的住所和办公室展开地毯式搜查，并将他带走询问。又因柯文哲拒绝夜间审讯而当庭被逮捕，并被以违背职务收受贿赂罪，图利罪申请羁押禁见。
后来，柯文哲虽然被台北地方法院裁定，「犯嫌不重大」，当庭释放。但台北地检对法院的裁定表示不满，将提起上诉。柯文哲深陷贪腐风波，让支持他的「小草」们颇有一种「真心错付」的感觉。其妻子陈佩琪后又被爆计划购买1.2亿的豪宅，更是加速了柯文哲人设的崩塌。柯文哲夫妇是一声，不管看房还是买房都是他们的自由，但错就错在一直塑造自己「清廉」的人设。在岛内竞选期间，柯文哲提出「居住正义」，并表示台北房价所得比16倍，代表买房者不吃不喝也需要16年。柯文哲表示，年轻人买不到房很可怜，买到房子的更可怜，变成「房奴」，赚得钱都去缴房贷。
当时，赖清德还被爆出老家祖宅违建问题。柯文哲说，赖清德一开始称万里老家合法，后续却被认定是违建，又说有缴房屋税但实际并没有，还说老家是工寮改建，赖清德依然坚持不是违建。他还揶揄称，赖清德为祖宅违建风波5度流泪，但当年南铁东移时，却不知是否有为受拆户流泪。他还要求赖清德对「赖皮寮」的处理直接道歉，弄得赖清德狼狈不堪。如今，柯文哲不仅被爆出贪腐问题，其妻子也承认计划购买上亿元的豪宅，这让「小草」们呼吁「天下乌鸦一般黑」。
实际上，对于成为赖清德的「眼中钉」，柯文哲早有预判。早在2024年岛内选举前，柯文哲就公开说，「没选上会被民进党清算」。只不过，选后在蓝绿间左右逢源的他，没想到民进党会从政治献金处下手。其实，赖清德等的就是这一天，并瞄准柯文哲「清廉打弊」人设进行「精准爆破」，加上绿营的猛烈攻击，柯文哲不仅毫无招架之力，正面临更严峻的法律和政治风险，就连民众党也面临生死存亡的问题。
有观点指出，早知今日何必当初，如果不是柯文哲在2023年5月一直到11月23日之间，反复玩弄国民党的话，就算柯文哲不合作，他只要摆明大路朝天各走一边的话，国民党完全可以从5月份就进行准备，且下架民进党的胜算概率依然是很大的。换言之，正是因为柯文哲反复说要「蓝白合」，但到最后1秒钟还是不合，使得国民党来不及准备，才让赖清德有机会能够坐收渔翁之利，并反过来对柯文哲进行政治清算。要知道，民众党是典型的「一人党」，一旦柯文哲的政治生命结束，也就基本宣告了民众党的死亡。
实际上，赖清德虽然已经上台主政，但蓝白阵营在岛内「立法机构」携手，依然能够形成「朝小野大」格局，有力制衡了民进党当局施政。然而，随着柯文哲与民众党陷入困境，岛内政治版图将进行又一轮洗牌。由于柯文哲的支持者对其已经极为失望，短期内他们可能成为「隐形选民」，既不支持民进党，也不支持国民党。但从长期来看，由于柯文哲曾直言自己内心仍然是「深绿」，还认同蔡英文的对外路线，白营的「小草」变成绿营「回头草」的概率更大一些。
当前，柯文哲深陷贪腐弊案，民众党群龙无首，中国国民党也已经感到了唇亡齿寒。马英九基金会执行长萧旭岑之前就表示，柯文哲如果受「重伤」，将大幅降低蓝白两党在2026年、2028年选举合作的概率，让赖清德坐收渔翁之利，对国民党绝对不是好消息。萧旭岑的担心并非完全没有道理，如果民众党解体，只会让民进党在岛内「一家独大」。接下来，赖清德还会以反腐为名，打压异己，并借此转移岛内民众的视线，提升民进党的支持率。可以说，赖清德对柯文哲的清算，既破坏了蓝白阵营给其施政带来的压力，又能为未来的竞选扫清障碍，可谓是一箭双雕。
有分析人士指出，年初赖清德得票558.6万，得票绿仅为4成，蓝营和白营若进行合作，依然能够下架民进党，这也是赖清德最担心的事情。因此，赖清德要提前动手，清除政敌，确保竞选连任。如今，赖清德已拿下同僚的郑文灿，后又推倒民众党的高虹安，现在又把柯文哲推到悬崖边，估计国民党主席朱立伦也在瑟瑟发抖。
