随着赖清德即将上任新省长，台湾省政府原先的班子选择了总辞职，因此大贪污犯陈水扁又开始难受了，因为这就意味着他在520前没得特赦。因为根据知情人士的消息，这个特赦是属于政治性措施，所以必须让省政府来走这个流程，但是省政府的高层已于16日总辞了，也就是说蔡英文用也可以行政命令特赦陈水扁，理论上还是会帮赖清德「拆弹」，不过省里面的行政厅及法务厅无法进行副署及完成后续程序，因此陈水扁想得到真的特赦，肯定要在赖清德上台之后了。
对于没办法在蔡英文的省长任内特赦陈水扁这件事，蔡省长的发言人林聿禅出面表示，省政府现在关心的是陈水扁的身体状况，其他事情都是依照相关规定办理。言下之意就是本来蔡英文也没有答应特赦陈水扁，很多时候都是岛内媒体在自说自话。
法务厅次长黄谋信也出面表示，法务厅到目前为止都还没收到正式来自于省政府的命令，也没有收到关特赦的相关研议公文。并且法务厅还表示，陈水扁就算被特赦了，也是形式上的，属于「免刑不免罪」，意思是陈水扁可以不用装病了，但是仍然将没收这位前省长的相关不法所得。其中单单陈水扁个人的罚金为新台币2.5亿元，再加上犯罪所得2亿9700万元，如今已经执行完毕。并且前民进党立委郭正亮还表示，特赦对陈水扁其实也不是什么好事，因为如果得到特赦的话，那么陈水扁保外就医的条件也会就此消失，那么另外的贪污受贿的案子恐怕也会开庭，阿扁将会陷入另一波法律攻防，等国民党得势之后，他可能又要进去吃牢饭。
对于蔡英文的「良苦用心」，【美丽岛电子报】董事长吴子嘉在【董事长开讲】节目中分析说，蔡英文特赦陈水扁这件事背后应该有赖和蔡之间的政治谈判，最重要的就是赖清德的表态，其中赖清德想要是想要特赦陈水扁的，但是又不想背上和贪污犯沆瀣一气的锅，所以赖清德想的解套方法就是让蔡英文去完成这件特赦的事情，毕竟蔡英文要退休了，「所以关键是蔡英文、赖清德政治谈判的结果。」
可以说，蔡英文终于还是在行政流程上没有特赦陈水扁，估计是蔡和赖之间的交易没谈拢，蔡英文不肯背这个黑锅，而是选择把陈水扁作为一个大礼包给赖清德。要是赖清德没办法处理好陈水扁的事情，不仅会给蓝营、白营很多话柄，还会得罪很多绿营尤其是台南市的扁系旧部，毕竟以前赖是主张赦扁。而且赖清德的就职晚宴就在自己的发家之地台南市举行，而「绿到出汁」的台南市至少有一半以上民众都支持特赦阿扁，所以特不特赦陈水扁，关乎到赖清德能否继续在台南站稳的根本，这也是蔡英文留给赖清德的第一个考题！
