从垂直方向上我们可以将主要建筑分为塔基、塔身和塔顶三个部分。塔基 是一个边长为123米的正方形，高4米。塔身 由五层逐渐缩小的正方形构成。第一层距塔基的边缘7米，然后每层以两米的差距缩小，留下狭长的走廊。塔顶 由三层圆形构成，每一层上建有一圈多孔的舍利塔，三层的舍利塔形成三个同心圆。正中是一座主要的圆塔，圆塔的顶端是整座建筑的最高处，离地35米。波罗浮屠每一边的中间都有入口，总共有32只石狮子看守着4个入口，每个入口都有台阶通向塔顶。佛塔的主入口在东边，浮雕上的故事从这里开始。山坡上有台阶通往山下的平地。
佛塔顶层
佛塔的三个部分代表着通往佛教大千世界的三个修炼境界，即：欲界 （Kamadhatu）、色界 （Rupadhatu）和无色界 （Arupadhatu）。塔基代表欲界，五层的塔身代表色界，而三层圆形的塔顶和主圆塔代表无色界。色界细致装饰的方形在无色界演化为毫无装饰的圆形，象征着人们从拘泥于色和相的色界过渡到无色界。
1885年人们在塔基的下面发现了一个隐藏的部分。这部分隐藏的塔基里刻有浮雕，其中的160幅描绘了真实的欲界。现存的浮雕上有简短的铭文，似乎是给雕刻师的指示和描绘要雕刻的场景。人们起初认为隐藏的塔基是为了防止山体下沉。另一种理论根据印度古代一本关于建筑和城市规划的著作Vastu Shastra认为，隐藏的塔基由于设计错误被上层的塔基代替。
波罗浮屠有大约2670块浮雕，其中1460块叙事浮雕、1212块装饰浮雕，覆盖了建筑的立面和回廊。浮雕的总面积达2500平方米，分布于隐藏的塔基和塔身。叙事浮雕被分为11组，环绕整座建筑，总长三公里。第一组浮雕在隐藏的塔基中，其余十组从波罗浮屠东门开始分布于塔身的下面四层。墙上的叙事浮雕顺时针分布，而回廊上的反方向分布。这种分布方式符合佛教徒朝拜圣迹时的右旋礼：信徒顺时针绕行，而圣迹常在右侧。隐藏的塔基里的浮雕叙述了佛教的因果报应律。塔身第一层墙上的浮雕分上下两栏，每栏各120块石板。上栏叙述了佛陀的生平，下栏和塔身第一、二层的回廊一起叙述了佛陀的前生（本生）。其余的浮雕叙述了善财53参修成正果的故事。
除了石头上雕刻的佛教大千世界故事之外，波罗浮屠还有许多佛像 。双腿交叉的佛像 端坐于莲花座上。它们分布于塔身（色界）的五层正方形和塔顶（无色界）的三层圆形上。塔身的佛像供奉于壁龛（kan）中，在栏杆的外侧围成一圈。随着面积逐层缩小，佛像的数目也逐层递减。塔身的第一层（最底层）有104个壁龛（kan），第二层有104个，第三层88个，第四层72个，第五层64个，总共432尊佛像。塔顶的佛像被安放在多孔的舍利塔内，第一层（最底层）有32座舍利塔，第二层24座，第三层16座，总共72座。塔身和塔顶的佛像共计504尊，其中300多尊被部分破坏（多数缺头），而43尊全无踪影。
损坏部分
起初看来这些佛像大同小异，然而它们的手势（印相）有微妙的差别。塔身的佛像共有五组印相，根据大乘佛教的说法代表着五个方位：东（右手结镇地印，左手结根本定印）、西（双手结根本定印）、南（右手结施愿印，左手结根本定印）、北（右手结施无畏印，左手结根本 定印）、中（双手于胸前结讲经印）。塔身从下而上的四层佛像手结前四种印相，它们的印相与面对的方位对应。塔身最上层佛像一律双手于胸前结讲经印。每种印相代表五方佛（或称「五智如来」）的一方，分别是东方金刚不动佛（不动如来），西方阿弥陀佛（无量光佛、无量寿佛、无量光如来等），南方宝生佛（宝生如），北方不空成就佛（不空成就如来），中央毗卢遮那佛（大日如来）。塔顶的佛像则是结转法轮印的释迦牟尼 。
顶层佛像——释迦牟尼
