公元17世纪初期，北元林丹汗、青海绰克图红台吉、康区白利土司、西藏噶玛政权藏巴汗结成反黄教联盟，藏传佛教格鲁教派在此时面临着生死攸关的困局。
正是在黄教受到巨大威胁的背景下，同样面临着生死攸关局面的卫拉特联盟和硕特部，卫拉特诸部盟主兼和硕特部首领的图鲁拜琥带领卫拉特人击败了反黄教势力，控制了整个青藏高原，并建立了和硕特汗国。
有图鲁拜琥率领的和硕特部强大武力支持下，格鲁教派的势力达到顶峰，达赖喇嘛被确立为藏传佛教最高教主地位，同时为制约达赖喇嘛势力，又弄出了班禅活佛转世体系，二者互为师徒关系（年长为师，年幼为徒，相互轮换），使得黄教势力做大，成为藏传佛教各教派中最大的派系。
和硕特汗国确立的第巴制度，既要负责汗王对整个和硕特汗国的施政，又要辅佐达赖喇嘛处理宗教事务和行政事务。这就导致在和硕特汗国内部，汗权和教权都具有很大影响力。
和硕特汗国存在的76年，前期统治时双方都没有将谁是青藏高原最高话事人挑明了说。直至后来，为争夺青藏高原掌控权，和硕特汗庭和西藏教廷之间的矛盾还是凸现出来了，并且引发了一系列问题，包括历史上享有盛名的六世达赖仓央嘉措就是和硕特汗庭与西藏教廷角逐权力中被选出来的傀儡。
和硕特部离开天山草场，击败反黄教联盟，入主青藏高原，建立和硕特汗国。
公元1625年，由和硕特部贵族之间的财产之争，引发的卫拉特诸部持续5年的内战。导致卫拉特联盟各部人心惶惶，更使得事件爆发之源和硕特部损失惨重，虽挂有卫拉特盟主头衔，但实力已经被准噶尔部反超。
公元1628年，和鄂尔勒克带领土尔扈特部5万多帐19万人迁徙到伏尔加河流域。
公元1629年，和硕特部首领拜巴噶斯战死，其弟图鲁拜琥接任和硕特部首领和卫拉特盟主之位。
和硕特部与准噶尔部之间的统一战争已经不可避免，天山草场之能有一个说一不二的政权。摆在和硕特面前的只有两条路，要么干掉准噶尔部，吞并其部众，要么学土尔扈特部远徙他乡。
此前，因为蒙古土默特部的扶持，藏传佛教格鲁教派得到大力发展，使得西藏其他各教派开始警觉起来，纷纷想要遏制这个新教派的发展势头。
北元大汗林丹汗因为忌惮黄教分化自己的汗权，因为黄教几乎传遍了整个蒙古部落，西藏教廷对诸部落有册封权力，林丹汗为摆脱黄教教权的影响，改宗宁玛教派。外喀尔喀部贵族绰克图红台吉由黄教改宗红教，而后因争夺权力失败，被排挤出喀尔喀部势力范围，率大军击败了土默特部右翼势力，取得了整个青海地区控制权。西藏地区噶玛政权藏巴汗崇信的是噶举派，对黄教格鲁教派有很深的敌意。康巴藏区的白利土司顿多多吉，信奉的是雍仲苯教，欲将黄教势力全部铲除干净。
北元林丹汗、青海绰克图红台吉、白利土司顿月多吉、藏巴汗丹津旺秋组成的反黄教联盟。
格鲁教派领袖五世达赖罗桑嘉措和扎什伦布寺法台罗桑确吉杰布为寻找新的武装力量来保卫黄教，将目光投向了天山草场的卫拉特蒙古诸部。
公元1635年，五世达赖派秘密信使抵达和硕特部，见到了固实汗图鲁拜琥，并转达了达赖喇嘛希望其担任新一代持教法王的重任，拯救黄教危机。
和硕特部固实汗和准噶尔部首领巴图尔珲台吉达成秘密协议，固实汗希望准噶尔部出兵协助自己南征青海的绰克图红台吉，等击败青海红教势力后，和硕特部将天山草场让给准噶尔部，和硕特部将迁徙到青藏高原游牧。
很快卫拉特诸部首领会盟，开始做战争动员，决定武力进军青海，保护黄教。
固实汗不愧是聪明睿智之人，为了保证这次行动的万无一失，他决心以身犯险，亲自到青藏高原了解对手的底细。他带领十余名护卫，化装成进藏朝圣的香客，沿途从青海进入西藏，沿途考察了一路军情民情，清晰地了解到青藏各方势力实际情况。到达西藏后，他秘密会晤了五世达赖罗桑嘉措和扎什伦布寺法台罗桑确吉坚赞，并商定了进军的计划。
公元1636年秋，固实汗率领卫拉特联军从伊犁出发南征青海。卫拉特诸部的主力精锐几乎都参加了此次保护黄教的战争，目标就是打败盘踞在青海的绰克图红台吉红教势力。除固实汗带领的和硕特部主力外，还有准噶尔部的巴图尔珲台吉、墨尔根岱青，土尔扈特部遗留下来的墨尔根济农、衮布伊勒登，辉特部的苏勒坦台什、苏木尔台什，杜尔伯特部的达赖台什、保伊勒登。
固实汗的卫拉特联军在青海同绰克图红台吉的军队连番血战，最终在青海湖北岸的哈尔盖草原上击败绰克图红台吉，并将其斩杀。
青海之战后，卫拉特联军大胜，固实汗兑现当初和巴图尔珲台吉的诺言，率和硕特部留在了青海，其余各部落返回天山。
公元1638年，固实汗再次来到了拉萨，面见了五世达赖，由于绰克图红台吉被消灭，对于黄教来说底气就更足了。五世达赖为此举行了隆重的大法会，达赖喇嘛赐予固实汗「丹津崔吉扎勒布」称号，也就是「持教法王」的意思。
公元1639年，固实汗率军攻入康巴藏区，此时拉萨的藏巴汗依然没有意识到危机，并没有派兵援助白利土司。
公元1640年十一月，康巴藏区全境被固实汗占领，白利土司顿月多吉不愿投降被杀掉。
公元1641年，固实汗利用从康区回青海的假象迷惑藏巴汗，然后出其不意的进军西藏，最终占领西藏全境，藏巴汗向扎什伦布寺法台罗桑确吉坚赞求救，希望其能从中斡旋调解。罗桑确吉坚赞本着慈悲心肠劝说固实汗放过藏巴汗丹津旺布，固实汗十分尊重罗桑确吉坚赞，答应了丹津旺布的讲和条件。
公元1642年，藏巴汗丹津旺布向固实汗投降，交出了其下属的所有城池和财物，噶玛政权灭亡。
至此，61岁的固实汗图鲁拜琥完成了统一青、藏、康区大业，建立和硕特汗国，成为青藏高原最高统治者，他将首城迁往拉萨，在布达拉宫设无畏狮子宝座，成为自己的最高行政机构处所。
作为黄教的「持教法王」，固实汗请达赖喇嘛从扎什伦布寺搬到布达拉宫。将八思巴所用的法器，以及日喀则缴获的大量珍宝都奉献给达赖喇嘛，并奉达赖喇嘛为藏传佛教最高教主。
与此同时，固实汗也请自己最为崇敬的罗桑确吉坚赞活佛入驻扎什伦布寺，并将后臧地区都划归其管辖，拜其为上师。
公元1645年，为制衡达赖喇嘛的宗教权力，固实汗赠予扎什伦布寺罗桑确吉坚赞活佛「班禅博克多」尊号，意思是「智勇双全的大学者」，罗桑确吉坚赞向上追认三世，追认克珠杰.格勒巴桑为「一世班禅」，恩萨.索南乔朗为「二世班禅」，恩萨.罗桑丹珠为「三世班禅」，自己则是「四世班禅」。
和硕特汗国组建新的政治体制，藏区政教合一的体制慢慢形成。
作为和硕特汗国的统治者，固实汗对西藏的政治、军事、法制等各方面进行了改进。在政权组织上，固实汗确定了第巴制度，第巴这个官职类似于中原王朝的宰相一样是藏区最高行政长官。
固实汗封五世达赖喇嘛的管家索南饶丹为第一任第巴，其职能既要负责汗廷内部的政令实施，还要辅佐达赖喇嘛处理宗教事务和行政事务，所有的政令公文在第巴处理过后，再有固实汗和达赖喇嘛一起签印，这份政令才能生效。
固实汗在位时期，实际上是将行政管理权交给达赖喇嘛的教廷和第巴管辖内的各万户。第巴这个职位通常时由和硕特部汗王从达赖喇嘛门徒之中挑选有才能者担当，藏区各万户首领必须经过和硕特汗庭任免和册封。固实汗这种制度设计，实现了以藏人治藏的目的，同时又不至于让整个汗国的权力失去控制。
固实汗聪明之处就在于，其仍然将和硕特汗国的军事力量控制在蒙古人手中。藏族人的军队十分散漫，平时放牧和农耕，战时就聚集成民兵，战斗力非常差。固实汗将将蒙古军队作为维持治安和对外征战的主力。
固实汗长子达延鄂齐尔率5000骑兵驻扎在拉萨北面的当雄草原，固实汗本人则率和硕特亲卫军驻防拉萨，另外，固实汗攻灭青海绰克图红台吉吞并其部众后，将天山南北的和硕特部属民逐渐迁徙到青海地区驻牧，固实汗命其八个儿子驻牧青海，分别统领和硕特各部，由其第六子多尔济掌管整个青海地区军政大权，这支力量被称为「青海八台吉」，作为拱卫西藏和硕特汗庭的坚实后盾。
公元1652年，五世达赖喇嘛罗桑嘉措到北京面见顺治皇帝，被册封为「西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛」，赐给其金册、金印带回西藏，册封固实汗为「遵行文义敏慧固实汗」，正式确立了大清王朝对和硕特汗国的宗主国地位。
公元1655年，73岁的和硕特汗国固实汗图鲁拜琥在拉萨病逝。
固实汗长子达延鄂齐尔继任和硕特汗国汗王之位，接手其父固实汗「持教法王」地位，达赖喇嘛赐予其「达延鄂齐尔汗」尊号。
达延鄂齐尔汗似乎没有遗传他父亲的英明睿智，他上位后的一系列举措让蒙古人在藏区的行政管理正在一步一步被架空。
公元1658年，固实汗任命的第一任第巴索南饶丹去世，五世达赖向达延汗征询新一任第巴人选。对于第巴这个如此关键的职位，达延汗居然毫不在意，表示由达赖喇嘛操办就好，达延汗因为只想做个逍遥自在的王，不想过多操心政事，以为只要牢牢掌控军权就万事大吉。第巴这个职位，在和硕特汗国是二人之下万人之上的地位，谁举荐任命就自然跟谁亲近，这是毋庸置疑的事情。
五世达赖任命赤烈嘉措为第二任第巴，因为是达赖喇嘛扶持上位的，赤烈嘉措对达赖喇嘛言听计从。
公元1668年，达延鄂齐尔汗去世，也是在同一年，第二任第巴赤烈嘉措也跟随而去。和硕特汗国最高统治者和最高行政长官同时出现空缺，这让五世达赖看到了掌控至高无上权力的机会。
和硕特部贵族就推举新一任大汗迟迟达不成统一意见，达赖喇嘛在没有经过和硕特汗庭同意的情况下，便委任了自己的亲信罗桑道图为第三任第巴。
五世达赖此时已经架空了第巴的行政管理权，完全把其当做自己宗教事务上的助手，达赖喇嘛集宗教和行政管理于一身。
公元1671年，达延鄂齐尔汗的长子贯绰克喇达进入拉萨继任和硕特汗国大汗之位，并接任其父「持教法王」地位，达赖喇嘛赐予其「丹津达赖扎勒布」尊号，称为达赖汗。
达赖汗跟他的父亲一样，不愿意管理西藏政治事务，对于五世达赖不经过汗庭允许就任命第巴的行为，达赖汗竟然毫不在乎，一点都没有作为国君的政治敏感度和警觉性，没有对达赖喇嘛的行为提出任何异议和该有的旁敲侧击提醒，这明显是越权行为。和硕特汗国两代汗王的粗心大意，导致第巴这个最高行政长官的任免和管理权已经牢牢掌握在达赖喇嘛手中。不久以后，和硕特汗国历史上很厉害的一个角色即将登上历史舞台，他就是五世达赖最器重的弟子桑杰嘉措。
桑杰嘉措是个非常有才能的人，他出生西藏大贵族仲麦巴家族，原名叫贡确顿珠，是西藏历史上卓越的天文学家和医学家，他一生中著有30多部天文历算著作，最著名的有【白琉璃论】，这部著作成为西藏的官方历书，同时他还撰写了集藏医大成的【四部医典蓝琉璃】。桑杰嘉措还拥有深厚的学术素养和灵活练达的政治能力，因此他是五世达赖喇嘛罗桑嘉措最器重的弟子。
公元1675年，和硕特汗国第三任第巴巴罗桑图请求卸任第巴职位，五世达赖决定让桑杰嘉措继任，桑杰嘉措以资历不够、阅历尚浅推辞了，此时桑杰嘉措也只有23岁。五世达赖便任命罗桑金巴为第四任第巴。
公元1679年，罗桑金巴卸任第四任第巴职位，27岁的桑杰嘉措被推上和硕特汗国第五任第巴职位。
五世达赖喇嘛圆寂，桑杰嘉措隐瞒事实，撒下弥天大谎。
桑杰嘉措坐上和硕特汗国第五任第巴职位，五世达赖放心的交出手中的大权，一切政务都交给桑杰嘉措处理，自己则潜心研修佛法以及撰写著作。
桑杰嘉措上任以后就展现出卓越的政治才能，在宗教上，他采取一系列措施，极大的扩展了黄教势力，从经济、政治各方面进一步增强了格鲁派的实力和地位。
另一方面，桑杰嘉措着手改进西藏政治体制，加强甘丹颇章政府的集权统治，将西藏各地领主集中到拉萨，允许他们除保留基本庄园土地外，其余土地全部收归政府所有，而后又推行宗本流官制度，所有官员由甘丹颇章政府任免，消除了地方势力拥兵自重、割据一方的基础。
桑杰嘉措还拟订了【噶伦办事章程】，明确规定各级政府官员的职责、权限和办事规程，明确规定了凡是就任甘丹颇章政府官职必须尊信格鲁教派，而且各宗行政官员实行僧俗并用，僧高于俗，而且本土官员的任命以藏人为主，蒙古人基本被排斥不用。
对于桑杰嘉措这一系列举措，和硕特汗国最高统治者达赖汗竟然一点反应都没有，很显然这些政策对蒙古人的统治利益有很大触动，而达赖汗因为懒得管理，尽然持放任不管的姿态，除了出席黄教盛大宗教典礼，达赖汗基本对西藏政治事务不管不问，甚至还非常这位年轻干练的第巴。
公元1682年二月二十五日，66岁的五世达赖喇嘛罗桑嘉措在布达拉宫圆寂，临终前他将所有宗教和行政事务交托给桑杰嘉措。
五世达赖对于桑杰嘉措来说既是恩重如山的师父又是最倚仗的靠山，这突如其来的变故，如果处理不当，随时可能会使他和达赖喇嘛费劲心血弄到手的政治实权毁于一旦。
于是，一个惊天谎言就诞生了，桑杰嘉措把恩师五世达赖喇嘛圆寂的消息严密封锁起来，对外声称达赖喇嘛在闭关修炼，任何人不得对其打扰。所有的事务都必须由桑杰嘉措来禀报和传达，这个消息一封锁就是十三年时间。
谁才是青藏高原的老大这个问题，终究是被和硕特汗庭和西藏教廷摆在台面上来解决
谁才是青藏高原这片神圣土地上拥有最高话语权的统治者，这个问题对和硕特汗庭和西藏教廷双方来说都有不同的看法和立场。
固实汗带领卫拉特诸部解决了反黄教联盟，维护了格鲁教派正统宗教领袖地位，对于蒙古贵族来说，他们功高盖世，并且在这里建立了和硕特汗国，理所当然应该是这片土地拥有实权的最高统治者。
格鲁教派领袖认为蒙古人只是被请来保护黄教的，而格鲁教派对整个藏传佛教拥有领袖地位，所有的信众必须拥护教廷，因此，格鲁教派教主才是这片雪域圣地最高统治者，蒙古人也只是持教法王，是黄教的下属。
当然，所有的一切也还是要靠实力说话，五世达赖在世的时候，所有的施政也是有顾及到和硕特汗庭翻脸的，所以他的政策都很小心谨慎。
五世达赖喇嘛圆寂，正常的流程是要向和硕特汗王通报，并且还要将此消息呈报到北京清政府。然而，桑杰嘉措将此事隐瞒长达十三年之久，纸终究包不住火的，是谎言总有被揭露的一天。
公元1696年，五世达赖圆寂秘不发丧的消息终于大白于天下，所有黄教教徒听说此事一片哗然，为此惊愕不已，北京的康熙皇帝得知此事更是恼羞成怒，派遣特使严厉斥责桑杰嘉措的行为。桑杰嘉措为挽救他撒下弥天大谎所造成的后果，赶紧派人去寻访五世达赖喇嘛的转世灵童。
公元1697年，根据藏传佛教的宗教仪轨，桑杰嘉措在西藏门隅地区叫宇松的地方（今藏南达旺地区）找到了仓央嘉措。桑杰嘉措连忙派人指认其为五世达赖喇嘛费劲转世灵童，同年九月迎回拉萨，拜五世班禅罗桑益喜为师，成为六世达赖喇嘛。
桑杰嘉措虽然有如此忤逆之举，但好在及时出台补救措施稳定了藏区的人心和局势，康熙皇帝内心虽有不忿，但是要藏区局势稳定，他也就做个顺水人情暂时不再追究此事。
和硕特汗国达赖汗这几十年来也不过问政事，况且年纪大了，也懒得管事了，对于桑杰嘉措隐瞒五世达赖圆寂的事也没放在心上。在和硕特汗国两代汗王对政事不管不问的情况下，蒙古人除了掌控军事力量外，政治和宗教事务上的权力基本被架空，藏人在桑杰嘉措手上已经扎下很深的根基。
公元1701年，达赖汗去世，其长子丹津旺秋继任和硕特汗国大汗和「持教法王」之位。
公元1704年，达赖汗另一个儿子拉藏鲁巴勒发动政变，毒死了其大哥丹津旺秋，自立为和硕特汗王，此人就是历史上著名的拉藏汗。
拉藏汗此人有极强的权力欲望，他可不像前几代和硕特汗王一样不管政事，他坐上和硕特汗王的宝座后就立志要拿回蒙古人丢掉的权力。
拉藏汗和桑杰嘉措代表的甘丹颇章政府很快就要为谁是青藏高原最高话事人展开激烈争斗。
