早在蔡英文心腹，賴清德在民進黨內部的最大競爭對手鄭文燦被開刀後，島內學者就紛紛預言下一個被賴清德打擊的物件可能是民眾黨主席柯文哲。果然不出所料，柯文哲攤上大事了。近日，柯文哲被「抄家」，台北艦船部門對柯文哲的住所和辦公室展開地毯式搜查，並將他帶走詢問。又因柯文哲拒絕夜間審訊而當庭被逮捕，並被以違背職務收受賄賂罪，圖利罪申請羈押禁見。
後來，柯文哲雖然被台北地方法院裁定，「犯嫌不重大」，當庭釋放。但台北地檢對法院的裁定表示不滿，將提起上訴。柯文哲深陷貪腐風波，讓支持他的「小草」們頗有一種「真心錯付」的感覺。其妻子陳佩琪後又被爆計劃購買1.2億的豪宅，更是加速了柯文哲人設的崩塌。柯文哲夫婦是一聲，不管看房還是買房都是他們的自由，但錯就錯在一直塑造自己「清廉」的人設。在島內競選期間，柯文哲提出「居住正義」，並表示台北房價所得比16倍，代表買房者不吃不喝也需要16年。柯文哲表示，年輕人買不到房很可憐，買到房子的更可憐，變成「房奴」，賺得錢都去繳房貸。
當時，賴清德還被爆出老家祖宅違建問題。柯文哲說，賴清德一開始稱萬裏老家合法，後續卻被認定是違建，又說有繳房屋稅但實際並沒有，還說老家是工寮改建，賴清德依然堅持不是違建。他還揶揄稱，賴清德為祖宅違建風波5度流淚，但當年南鐵東移時，卻不知是否有為受拆戶流淚。他還要求賴清德對「賴皮寮」的處理直接道歉，弄得賴清德狼狽不堪。如今，柯文哲不僅被爆出貪腐問題，其妻子也承認計劃購買上億元的豪宅，這讓「小草」們呼籲「天下烏鴉一般黑」。
實際上，對於成為賴清德的「眼中釘」，柯文哲早有預判。早在2024年島內選舉前，柯文哲就公開說，「沒選上會被民進黨清算」。只不過，選後在藍綠間左右逢源的他，沒想到民進黨會從政治獻金處下手。其實，賴清德等的就是這一天，並瞄準柯文哲「清廉打弊」人設進行「精準爆破」，加上綠營的猛烈攻擊，柯文哲不僅毫無招架之力，正面臨更嚴峻的法律和政治風險，就連民眾黨也面臨生死存亡的問題。
有觀點指出，早知今日何必當初，如果不是柯文哲在2023年5月一直到11月23日之間，反復玩弄國民黨的話，就算柯文哲不合作，他只要擺明大路朝天各走一邊的話，國民黨完全可以從5月份就進行準備，且下架民進黨的勝算機率依然是很大的。換言之，正是因為柯文哲反復說要「藍白合」，但到最後1秒鐘還是不合，使得國民黨來不及準備，才讓賴清德有機會能夠坐收漁翁之利，並反過來對柯文哲進行政治清算。要知道，民眾黨是典型的「一人黨」，一旦柯文哲的政治生命結束，也就基本宣告了民眾黨的死亡。
實際上，賴清德雖然已經上台主政，但藍白陣營在島內「立法機構」攜手，依然能夠形成「朝小野大」格局，有力制衡了民進黨當局施政。然而，隨著柯文哲與民眾黨陷入困境，島內政治版圖將進行又一輪洗牌。由於柯文哲的支持者對其已經極為失望，短期內他們可能成為「隱形選民」，既不支持民進黨，也不支持國民黨。但從長期來看，由於柯文哲曾直言自己內心仍然是「深綠」，還認同蔡英文的對外路線，白營的「小草」變成綠營「回頭草」的機率更大一些。
當前，柯文哲深陷貪腐弊案，民眾黨群龍無首，中國國民黨也已經感到了唇亡齒寒。馬英九基金會執行長蕭旭岑之前就表示，柯文哲如果受「重傷」，將大幅降低藍白兩黨在2026年、2028年選舉合作的機率，讓賴清德坐收漁翁之利，對國民黨絕對不是好訊息。蕭旭岑的擔心並非完全沒有道理，如果民眾黨解體，只會讓民進黨在島內「一家獨大」。接下來，賴清德還會以反腐為名，打壓異己，並借此轉移島內民眾的視線，提升民進黨的支持率。可以說，賴清德對柯文哲的清算，既破壞了藍白陣營給其施政帶來的壓力，又能為未來的競選掃清障礙，可謂是一箭雙雕。
有分析人士指出，年初賴清德得票558.6萬，得票綠僅為4成，藍營和白營若進行合作，依然能夠下架民進黨，這也是賴清德最擔心的事情。因此，賴清德要提前動手，清除政敵，確保競選連任。如今，賴清德已拿下同僚的鄭文燦，後又推倒民眾黨的高虹安，現在又把柯文哲推到懸崖邊，估計國民黨主席朱立倫也在瑟瑟發抖。
