為什麽大多數科幻作品裏，星際戰艦的艦橋指揮室等重要部位是外接的，而且都有大塊的玻璃窗：
那是因為大多數科幻作品的作者不懂星際戰艦，甚至也缺乏軍事知識，只能按照海軍戰艦的設計去模仿。而且提問者也混淆了艦橋、指揮中心、駕駛室的概念，沒有分清楚它們的區別。
一、地球上的海軍戰艦為何要有高聳的艦橋？
首先說清楚，地球上海軍戰艦擁有高聳艦橋的原因，主要可不是為了什麽長期航行中保持舒適感，而是出於觀察和探測的需要。眾所周知，由於地球是個曲面的，所以站得越高自然就看得越遠。而這在軍艦上，就體現在需要高聳的艦橋，以及更高處桅桿上的瞭望哨了。而在普及雷達以後，雷達也要盡可能架得高一點，這就是地球上的戰艦都有高大艦橋的根本原因。
當然了，從情感上來說，人類是很喜歡有窗戶、視野開闊的環境的。在海上的長期航行中，視野開闊的艦橋對於乘員的身心健康很有好處。另外從心理因素來說，高位者也喜歡站（坐）在高處凸顯權威，在這種種因素的綜合影響下，戰艦就普遍擁有了高大的艦橋。 這方面的翹楚，那就是二戰時的舊日本帝國海軍。它們的某些戰列艦艦橋甚至高達十幾層，成為了舉世矚目的「違章建築」。而無論平時還是戰時，艦長最常呆的就是艦橋。
而既然艦長在艦橋，那麽出於方便指揮的角度，艦船的操舵位置也自然要設定在艦橋裏面，以方便艦長隨時下命令，甚至必要的時候親自操舵。但是隨之而來的，就是處於高處的艦橋兼操舵室成為危險區域。而這些區域出於觀察的需要，又無法設定嚴密的防護。所以如何在這個目標明顯的地方盡量保護指揮官的安全，就是後來戰艦設計師的主要研究方向了。
二、艦橋和司令塔的分離
於是在後來的戰艦之中，就開始將艦橋和司令塔分開：觀察敵情和指揮航行在艦橋，而司令官甚至操舵室則在裝甲司令塔裏面。當然了，這個司令塔一般比較低矮和狹小，視野也受限，因此很多指揮官都不願意去。比如非常著名的北洋水師旗艦「定遠號」，其司令塔就在兩座主炮塔之間，司令塔觀察窗僅僅略高於飛橋地板，非常低矮而且視線不良。
所以早期的艦隊司令在實戰中，都不願意待在這個低矮狹小的司令塔裏，而是去開闊的高處指揮。而有些非常「勇猛」的指揮官，甚至會去毫無防護的艦橋頂部，就是為了獲取最好的視野。
比如對馬海戰中的東鄉平八郎，就是站在艦橋頂部指揮的——當然了，這種習慣雖然有利於指揮，也會造成指揮官的傷亡：特拉法爾加海戰中的英國名將納爾遜，就是在露天指揮時被打死的。而黃海大戰時的北洋水師提督丁汝昌，也是在露天飛橋上觀察敵情時受傷的。
而隨著司令塔功能的完善，艦橋的結構也逐漸完整和專業化，細分出了各種功能層。 比如提主所指出的大和號艦橋，其紅框出來的位置其實是防空指揮所，下面的那層則是全艦的晝戰艦橋。而在這下面是作戰室、艦長休息室，更下面有整層玻璃窗的才是平時航行用的羅經艦橋（也用作夜戰艦橋） 。至於作為艦隊核心的司令塔，則是艦橋下面箭頭處的那個沒多少開口矮墩子。這個地方是有重甲防護的，而且位於炮塔後方的較矮位置，不容易被命中。
這樣設計的目的，就是把艦體的防空、航行、主炮射擊、夜戰等功能分開，防止被敵人一輪攻擊全滅。而除了艦橋上的舵輪，一般還在艦體內部設定操舵室，可以有效防止敵人的攻擊。至於負責全艦隊指揮的司令塔，更是相對低矮而且趴在主炮之後，並有厚重的裝甲保護著。俗話來說，這就是一種典型的分布式指揮系統，目的就是不能把所有雞蛋都放在一個籃子裏面。
三、危險的司令塔
當然了，這個裝甲司令塔的防護，也是逐步增強的。而由於其暴露在外，很容易被敵人集火攻擊，所以一度也成為了僅次於炮塔的「炮彈磁鐵」。
在早期的軍艦上，司令塔的防護是不足的 。比如北洋水師著名的濟遠號巡洋艦，其司令塔裝甲只有38.1公釐，而且被高高地布置在飛橋甲板上，目標非常明顯。而在豐島海戰中，這個非常顯眼的薄甲司令塔就成了日艦的集火目標，甚至兩度被炮彈命中。 而其中的一發炮彈，甚至直接擊穿了司令塔那薄薄的裝甲。正在司令塔內指揮的大副沈壽昌頭部中彈，當場壯烈犧牲。而其腦漿噴濺在一旁的方伯謙身上，把方伯謙嚇得心膽俱裂，直接放棄了指揮躲到了艦體水線下的穹甲之下，這就是著名的「腦血濺衣」事件。
而同樣的司令塔缺陷，也發生在同樣由德國制造的經遠級裝甲巡洋艦身上。 其司令塔裝甲厚度雖然為152.4公釐，已經遠勝於濟遠號，也能擋住一般的炮彈。但是為了更好的觀察視野，經遠級司令塔開的是環繞式的觀察縫，海戰中地方的炮彈破片四處亂飛，出問題的機率就很大了。 而在大東溝海戰之中，經遠艦管帶林永升的頭部就被飛進來的彈片擊中，當場就犧牲了。
而哪怕是後來更加嚴密的司令塔，有時候也會出問題的。比如在日俄的對馬海戰中，日軍的一顆12英吋口徑的炮彈，就直接命中了俄軍旗艦「蘇沃洛夫公爵號」的司令塔，雖然沒有直接穿透，但是其強大的沖擊力，仍然把俄軍司令羅傑斯特文斯基甩到了艙壁上，直接就多處骨折陷入了昏迷。
而這樣的倒黴事兒，自然不是只有俄軍才有。 日軍的裝甲巡洋艦「日進」號的遭遇相似，其裝甲司令塔也被俄軍炮彈直接命中，在內部指揮的第一戰隊司令三須宗太郎中將受重傷，司令部其他軍官更是死傷慘重。 值得一提的是，當時還是見習軍官的山本五十六在艦艏的副炮處作戰，被一發6英寸炮彈直接命中了艦艏，山本五十六左手的食指和中指就是在這時被炸掉的。
這種種的傷亡事件，就導致後來的海軍戰艦，都開始不斷加強其司令塔防護。而隨著炮彈穿甲能力的提高，哪怕是到了一戰期間，司令塔被命中導致傷亡的事情仍然屢有發生。比如在舉世聞名的日德蘭海戰之中，英國鐵公爵號發射的一發13.5英寸炮彈，就直接命中了國王號的艦橋指揮塔，將德軍第三戰列艦分艦隊司令貝恩克中將炸成了重傷。
所以在一戰結束之後，各國新造的戰列艦更是瘋狂加厚司令塔，比如前文所說的大和號，司令塔裝甲就厚達整整半米。但是即使這樣，在不斷增大口徑的戰列艦穿甲彈面前，司令塔的防護仍然有所不足。當年德國「俾斯麥」號戰列艦司令塔，就直接被英國羅德尼號戰列艦的16英寸主炮炮彈擊穿，導致裏面的所有指揮軍官直接全滅。
而同樣的事情，也發生在英國人自己身上。其威爾斯親王號戰列艦在丹麥海峽，就曾經遭遇到了380公釐穿甲彈的攻擊，艦橋上的一切都被炸飛。而艦長雖然在裝甲司令塔裏逃過一劫，但是也受了重創，在醫院躺了兩個半月才好。
而裝甲厚重的戰列艦都是如此，次一級的巡洋艦的司令塔防護就更不夠看了。 比如在1949.4.21由於「紫石英號事件」引發的激戰之中，解放軍的一發105公釐榴彈，就準確擊中了「倫敦」號重巡洋艦的司令塔，「倫敦」號艦長卡紮勒被當場炸成重傷。
以上的種種事件都表明，司令塔實在是個非常危險的位置，哪怕是加上厚重的防護，也是擋不住戰時指揮中樞受損的。
四、艦體內部指揮中心的設立
所以到了後期，如何取消目標明顯的司令塔，就成了戰艦設計師的新難題了。而隨著技術的進步，超視距作戰成為主流，指揮艦隊和飛彈艦艇作戰，基本已經不需要目視獲得戰場資訊了。因此全封閉式的作戰指揮情報中心（英文縮寫CIC），就終於出現了。
而這種作戰指揮中心不需要窗戶，也不需要設定在甲板之上，就和艦橋徹底分離了。在此之後，這種指揮中心更是逐步成為艦艇的真正的大腦，艦橋就只是平時航行時所用了。 再加上設定在艦體內部的操舵室，這艦橋的功能就越來越少了。哪怕是戰時受損，也是無傷大雅的了。
需要指出的是，當代的大型水面艦艇上的CIC的位置，那其實也不是固定的。有的設定在艦體內部，有的設定在上層建築下部——這主要是由於艦體內部雖然防護最好，但是恰好是掠海飛行的反艦飛彈的命中位置，很容易被一發全滅。
所以目前的現代艦艇，其實是有指揮日常航行的羅經艦橋，以及艦體或上層建築內部的指揮中心兩個中樞的。 而科幻作品中的星際戰艦，一般都只有艦橋兼指揮中心，而且還高高聳立在甲板之上。一旦這裏被擊中，戰艦就像被人削掉了腦袋，直接就失去了戰鬥力。可以說，這種設計的小說和影視劇，其實都只是太空歌劇，嚴重缺乏合理性。
所以在另外一些作品裏，就考慮到了這一問題，設定了可折疊收放的艦橋。 比如在新版銀河英雄傳說中，同盟軍的戰艦艦橋，就是可以折疊收放起來。而帝國軍的指揮艦橋，則是像一個小島一樣懸掛在艦體下部，必要的時候可以收起來 ——不得不說，這種設計雖然看起來高大上，但是其實並不實用。這樣的司令塔兼指揮中心還是暴露在艦體外部，不僅折疊收放復雜，而且防護相對薄弱，同樣容易被擊毀。
至於較好一點的科幻作品，則會抄襲現實中海軍戰艦的設定，設定兩個指揮中心。 比如在高達中，著名的斯拉姆級戰艦就有兩個艦橋。在平時的時候，艦長在擁有寬大玻璃窗的高位艦橋裏指揮，到了真正進入戰鬥時，就會啟用內建在戰艦內部的戰鬥艦橋（CIC指揮中心）。而這個戰鬥艦橋非常緊湊狹小，其設計更加類似於舊戰艦的裝甲司令塔。 而為了方便進行戰鬥轉換，在有著作品裏，艦長的座位是設定在一個軌域上的，只需要按動一個按鈕，就可以直接像坐電梯一樣，下降到戰鬥艦橋進行指揮。這樣的細節，就比較讓人贊賞了。
不過實際上，太空戰艦其實壓根不需要設有玻璃窗的高位艦橋。太空中不存在地球曲面問題，不需要在高處觀察敵情，雷達也沒有站的高看得遠的需要。 所以在太空戰艦上，完全可以不設定玻璃窗，只透過艦體上的光電頭觀察敵情。而在相控陣雷達系統成熟的現在，遠端探測可以交給艦體上的共形相控陣天線，根本不需要設定外部艦橋，只需要內部的CIC指揮中心即可。
而為了安全起見，指揮中心可以設定在艦艇內部，由重重裝甲保護。而且為了防止被一擊全滅，可以設定功能可替代的多個CIC，每個指揮中心還分隔為多層，分別負責探測航行、攻擊防禦、損害管制等等。 而艦長的座位則可以像科幻作品裏那樣帶有滑軌，可以快速在各層之間進行移動。
而出於人類觀察星空的心理，以及對接進港時的目視需要，可以在艦體外部設定幾處全景天窗，其外形類似於國際太空站上的那種，由值班人員輪流坐上去瞭望警戒，其實也就足夠了。
所以真正的太空戰艦，應該是沒有帶玻璃窗的艦橋的。它們的指揮中心，應該是隱藏在艦體內部，由厚重裝甲層層保護著的。而且出於防護和損害管制的需要，還會比較狹小而且陰暗，必要時候甚至可以作為可脫離的小型救生艇使用。
