從首季至第二季，範閑仍保持熱血沸騰的青年大臣形象；林婉兒依舊天性真純，柔順善良；慶帝仍舊深沈冷漠，獨斷專行；陳萍萍則依然神秘莫測，難以捉摸。
相較於首季的結局，這季以略微輕松幽默的方式收場，舍棄了過度的煽情，預留更多想象空間。
範閑因在懸空廟舍身救人，不幸受傷，生命垂危，幸得妹妹範若若的手術救治得以保全性命；
慶帝擔心無法掌控大宗師級別的人物，竟以範閑的性命為誘餌，引誘神廟使者追殺五竹；
陳萍萍與範建，這對幹爹與後爹的組合，始終保護著範閑，直至慶帝公開其皇子身份，範閑承諾進入範氏祠堂；
範閑與王啟年前往江南，接管母親遺留的三大坊，差點遭明家與二皇子聯手陷害。
盡管如此，主角光環或劇情需求使然，範閑總能在困境中找到出路。
這種跌宕起伏、充滿反轉的劇情令人欲罷不能。
在大結局來臨之際，劇情曾一度走向悲劇。
懸空廟慶帝遇刺事件是整個故事的開端。範閑在賞花會上救下三皇子，自己卻身中劇毒。
範閑中毒後，眾多名醫束手無策，範若若只能冒險嘗試手術，成功挽救了哥哥的生命。
範閑康復後，陳萍萍揭露了懸空廟刺殺的真相——三名刺客中有兩名無關緊要，另一名刺客竟是神秘的影子。
影子刺殺範閑，實為武癡，且受慶帝之命。
慶帝策劃此次事件，意在借此罷黜二皇子的爪牙宮統領，並驅逐葉家。
刺殺當日，宮統領及葉重全家被貶往定州，葉靈兒被扣為人質。
範閑在宮中養傷期間，再次遇刺，同時，範閑為葉輕眉之子、慶帝血脈的訊息不脛而走。
皇後為防範閑威脅太子地位，求慶帝廢後，但遭到拒絕。
慶帝安排範閑出宮賞花，實則設局引五竹現身，利用神廟使者除掉五竹，再將兩人一網打盡。
在這場圍獵行動中，五竹身負重傷，尋求範閑幫助時遇到林婉兒，要求林婉兒告知範閑前往江南、三大坊。然而，此時的林婉兒已被仇恨蒙蔽雙眼，欲對五竹動手。
範閑受旨南巡至蘇州，接收母親遺留的三大坊，途中官員們紛獻禮品，甚至被百姓劫船。
二皇子搶先抵達蘇州，會見三大坊主明家家主明青達，暗中操縱災民偷襲官船，阻止明家倒戈範閑。
在明家父子權力之爭中，明青達成為了二皇子的幫兇。
範艦停泊後，他釋放了災民，慷慨解囊，用所攜銀錢及官員賄賂之物資助他們返鄉。
明青達在碼頭上與範閑對峙，承諾當日給出解釋。
他設宴款待範閑，並推舉堂弟為替罪羊，承擔逼迫災民、劫船之責。
明青達以子女性命威脅，令其自盡。
當夜，三大坊直屬機構轉運司突發火災，主事及工匠悉數喪生。
範閑懷疑此中有詐，此時，早已潛入三大坊的鄧子越透露，明家已將原料、貨物轉移，制造火災假象。
明青達母子上演這出戲，旨在欺騙範閑及長公主、二皇子，獨占三大坊資產。
在鄧子越協助下，範閑成功找到明家藏匿的三大坊，殺雞儆猴，接管母親遺產。
調查火災過程中，明青達母子等待著範閑的死亡。
二皇子請來大宗師葉流雲刺殺範閑，範閑重傷之下，真氣盡失，面對葉流雲，勝算渺茫。
但他手持巴雷特，赴約決戰。最終，葉流雲放過範閑，與他化幹戈為玉帛。
至此，故事告一段落。圓滿劇情背後，仍有諸多遺憾。期待【慶余年3】的精彩呈現。
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