這是一個軍事計畫，名叫「圍城」，這個計畫的目的不是改變過去，而是左右未來。計畫中上尉和一個歷史教師互換身份，去一輛列車裏尋找誰是實施恐襲的人。這既是一場現實的追兇，也是一場不斷重復的意識世界的重構。
影片匯入了量子理論和平行宇宙的概念，原始碼的本質就是對人死後的記憶再賦值，讓上尉的意識在死者們殘存的意識世界中穿梭，在僅存的8分鐘時間內找到實施恐襲的兇手，以阻止他的再一次行兇。
上尉一次次失敗，一次次再行動，只為在列車裏找到關於兇手的蛛絲馬跡。
然而不久，執行任務的上尉對一切都產生了懷疑，他想知道他在為誰工作。他開始調查「圍城」計畫的真相。得到的結果是，他2個月前就已經殉職了。因為量子記憶效應，他的意識被國家利用，成為追尋罪犯的工具。
這個計畫簡直毫無人性，上尉已經殉職，卻依然用他殘余的意識去執行任務，絲毫也不考慮上尉自己對生死的感受。反恐機構只會冷冰冰的不斷下達作戰命令，完全不考慮上尉作為個體生命的感受，他的意識依舊有喜怒哀樂，即便完成了任務也不讓他安息。
好電影總會引發人們思考，飛馳的列車上，忙碌的反恐機構中，孤獨的機艙裏，平行宇宙構成了上尉3種不同的人生境遇。這個低成本的影片講了一個極具科幻色彩也非常耐人尋味的故事，故事的內核是關於個人價值和國家意誌哪一個更重要的深刻問題。
和影片開頭雄偉，冷漠的芝加哥所象征的強大國家機器相比，上尉所處的狹小荒涼的機艙揭示著其個人處境的渺小和卑微。上尉成為國家反恐的工具，毫無自由尊嚴可言。因此在完成任務後，上尉選擇去改變無法改變的過去，英雄知其不可而為之的勇氣，正是影片的高潮所在。在短短的8分鐘裏，他談了一場戀愛，抓獲了兇手，也告別了父親，他對生命的珍惜和留戀，揭示了在將個體工具化的國家意誌面前，個人的幸福和自由依然是影片所贊揚與歌頌的物件。
最終失去生命的上尉，其意識永遠留在了平行宇宙之中，而他所在的宇宙也改變了「圍城」計畫所在的宇宙。這個結尾有些燒腦，不過也正好驗證了量子物理中現實的無限可能性。
